More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3502 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3502  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
188 aa  384  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000695897  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0599  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.31 
 
 
190 aa  173  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.14 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.68 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.68 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
199 aa  106  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.36 
 
 
199 aa  105  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.14 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.14 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.14 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.14 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  105  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
199 aa  104  9e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
392 aa  104  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.82 
 
 
199 aa  100  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.82 
 
 
199 aa  100  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  35.48 
 
 
208 aa  99.8  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.48 
 
 
208 aa  99.8  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.31 
 
 
199 aa  97.1  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.87 
 
 
192 aa  95.5  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.74 
 
 
192 aa  95.5  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.35 
 
 
190 aa  95.5  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.86 
 
 
191 aa  94.7  8e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.99 
 
 
200 aa  94.4  9e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.89 
 
 
206 aa  94  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.04 
 
 
193 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.14 
 
 
193 aa  91.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.07 
 
 
193 aa  90.9  9e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.59 
 
 
193 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.59 
 
 
193 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
193 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.89 
 
 
195 aa  90.9  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  31.07 
 
 
203 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.8 
 
 
192 aa  90.1  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.59 
 
 
193 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.59 
 
 
193 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1771  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
197 aa  90.9  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000506111  hitchhiker  0.000648476 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.14 
 
 
193 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  31.07 
 
 
203 aa  89.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
205 aa  90.1  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
205 aa  90.1  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  31.43 
 
 
203 aa  89.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
194 aa  89.7  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
199 aa  89  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.81 
 
 
189 aa  89.4  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
191 aa  89  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  31.79 
 
 
204 aa  88.6  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  30.51 
 
 
203 aa  88.6  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3681  RNA polymerase sigma factor  32.57 
 
 
207 aa  88.6  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.68 
 
 
208 aa  88.6  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
184 aa  88.2  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.67 
 
 
211 aa  88.2  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
205 aa  87.8  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.79 
 
 
202 aa  87.8  8e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.32 
 
 
216 aa  87.8  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.78 
 
 
199 aa  87.8  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
222 aa  87.8  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
192 aa  87.4  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.05 
 
 
201 aa  87.4  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.25 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.25 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.15 
 
 
193 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.82 
 
 
211 aa  87  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.46 
 
 
201 aa  86.3  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.25 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
192 aa  87  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
206 aa  87  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.15 
 
 
193 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.25 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3056  RNA polymerase sigma factor  31.43 
 
 
203 aa  86.3  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331913  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.37 
 
 
209 aa  85.5  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.89 
 
 
201 aa  85.9  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.47 
 
 
198 aa  85.1  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3594  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.03 
 
 
169 aa  85.1  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000219096  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.6 
 
 
192 aa  85.1  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
192 aa  84.7  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.04 
 
 
215 aa  84.7  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
192 aa  84.7  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.05 
 
 
192 aa  84.7  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.83 
 
 
209 aa  84.7  7e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
206 aa  84.3  8e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
206 aa  84.3  8e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
192 aa  84.7  8e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
192 aa  84.3  8e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
192 aa  84.3  9e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.32 
 
 
220 aa  84.3  9e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.37 
 
 
209 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
192 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
192 aa  84  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
192 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  30.86 
 
 
189 aa  84  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>