More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5142 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
190 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  69.84 
 
 
190 aa  270  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  73.14 
 
 
182 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  75.29 
 
 
181 aa  259  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  68.54 
 
 
188 aa  249  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  64.89 
 
 
190 aa  246  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  66.67 
 
 
178 aa  240  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  66.67 
 
 
178 aa  240  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  62.11 
 
 
194 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  61.58 
 
 
194 aa  230  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  64.77 
 
 
190 aa  228  3e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  60.85 
 
 
194 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  71.07 
 
 
224 aa  217  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  64.07 
 
 
179 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  48.84 
 
 
184 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  46.59 
 
 
185 aa  149  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.63 
 
 
180 aa  144  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  46.63 
 
 
184 aa  143  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  44.69 
 
 
184 aa  137  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  47.98 
 
 
183 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  45.09 
 
 
185 aa  134  7.000000000000001e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.46 
 
 
134 aa  133  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
189 aa  133  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  47.43 
 
 
183 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.73 
 
 
182 aa  131  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  44.38 
 
 
185 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  44.51 
 
 
182 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.88 
 
 
182 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.41 
 
 
205 aa  125  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.04 
 
 
174 aa  118  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  39.66 
 
 
185 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.57 
 
 
180 aa  115  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.53 
 
 
179 aa  106  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  39.16 
 
 
181 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  35.71 
 
 
190 aa  105  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  37.35 
 
 
191 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  37.8 
 
 
181 aa  99.4  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.63 
 
 
191 aa  96.3  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.77 
 
 
167 aa  95.5  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  35.71 
 
 
170 aa  94.4  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  37.11 
 
 
219 aa  93.2  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.79 
 
 
174 aa  88.6  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  37.88 
 
 
181 aa  86.3  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
191 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  34.76 
 
 
211 aa  84.7  8e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
223 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.57 
 
 
189 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.13 
 
 
216 aa  77.4  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  34.78 
 
 
192 aa  77.4  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
260 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
192 aa  75.5  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  70.37 
 
 
56 aa  75.1  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.1 
 
 
187 aa  69.3  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.81 
 
 
189 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05265  RNA polymerase sigma factor SigZ  29.41 
 
 
186 aa  67.8  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.43 
 
 
190 aa  67  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  38.26 
 
 
190 aa  66.2  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5597  ECF family sigma factor  31.95 
 
 
174 aa  66.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  32.56 
 
 
200 aa  67  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 
190 aa  67  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  29.01 
 
 
182 aa  65.1  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  32.26 
 
 
208 aa  64.7  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  32.97 
 
 
232 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  31.18 
 
 
192 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  31.03 
 
 
180 aa  62.4  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  30.65 
 
 
192 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  30.65 
 
 
192 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.35 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000329231  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0657  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.56 
 
 
180 aa  61.6  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.99 
 
 
189 aa  61.6  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
228 aa  61.2  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
203 aa  61.2  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.11 
 
 
191 aa  60.5  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0441  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.25 
 
 
180 aa  60.8  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
190 aa  60.8  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.86 
 
 
185 aa  60.1  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.03 
 
 
195 aa  60.5  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.49 
 
 
188 aa  60.1  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.73 
 
 
212 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3991  RNA polymerase sigma-70 factor  26.95 
 
 
176 aa  60.5  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.41 
 
 
216 aa  59.7  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  29.57 
 
 
194 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1626  RNA polymerase factor sigma-70  29.73 
 
 
188 aa  59.3  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000238323  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1753  RNA polymerase factor sigma-70  29.73 
 
 
188 aa  59.3  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000792088  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.19 
 
 
189 aa  59.3  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  31.4 
 
 
196 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1829  RNA polymerase factor sigma-70  28.38 
 
 
188 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00470761  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  30.17 
 
 
192 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.52 
 
 
175 aa  58.9  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161053  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.77 
 
 
204 aa  58.9  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1318  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.62 
 
 
188 aa  58.5  0.00000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4230  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.93 
 
 
212 aa  58.2  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  29.47 
 
 
212 aa  58.2  0.00000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  26.32 
 
 
214 aa  58.2  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
185 aa  58.2  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0927  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.14 
 
 
184 aa  58.2  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
201 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.56 
 
 
187 aa  57.8  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  29.71 
 
 
225 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  31.4 
 
 
202 aa  57.8  0.00000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>