More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2590 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
190 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  82.63 
 
 
190 aa  321  3e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  64.77 
 
 
190 aa  228  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  64.37 
 
 
188 aa  226  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  62.36 
 
 
190 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  59.79 
 
 
194 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  59.79 
 
 
194 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  59.26 
 
 
194 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  61.71 
 
 
182 aa  210  9e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  59.77 
 
 
181 aa  209  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  57.63 
 
 
178 aa  205  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  57.63 
 
 
178 aa  205  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  58.14 
 
 
179 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  60.87 
 
 
224 aa  187  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  49.72 
 
 
184 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
184 aa  158  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  60.83 
 
 
134 aa  153  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  48.89 
 
 
184 aa  153  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  49.44 
 
 
183 aa  148  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  47.43 
 
 
185 aa  142  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  48.6 
 
 
183 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  47.13 
 
 
185 aa  143  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  46.07 
 
 
185 aa  138  6e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  44.63 
 
 
182 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.29 
 
 
180 aa  134  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.44 
 
 
205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.68 
 
 
189 aa  128  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.51 
 
 
182 aa  127  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  42.13 
 
 
185 aa  124  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.68 
 
 
174 aa  123  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.33 
 
 
182 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  39.78 
 
 
181 aa  118  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  39.34 
 
 
191 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.55 
 
 
180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  37.16 
 
 
190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.61 
 
 
174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  37.02 
 
 
181 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.77 
 
 
179 aa  100  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  35.71 
 
 
170 aa  95.5  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  32.6 
 
 
181 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  35.62 
 
 
219 aa  90.1  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.16 
 
 
167 aa  88.6  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  35.36 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.15 
 
 
191 aa  87.4  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  36.97 
 
 
211 aa  87  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.29 
 
 
191 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.52 
 
 
223 aa  85.1  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  68.52 
 
 
56 aa  78.2  0.00000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
189 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.25 
 
 
192 aa  77  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.76 
 
 
216 aa  76.6  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.59 
 
 
185 aa  73.2  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.25 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  34.12 
 
 
232 aa  67.8  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.27 
 
 
260 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  30.14 
 
 
204 aa  67  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.38 
 
 
200 aa  67.4  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.07 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.87 
 
 
212 aa  66.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
187 aa  65.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.81 
 
 
202 aa  65.9  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.523408  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  29.52 
 
 
200 aa  65.1  0.0000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.45 
 
 
268 aa  64.7  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
185 aa  63.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  32.02 
 
 
208 aa  63.2  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.8 
 
 
199 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.8 
 
 
199 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.18 
 
 
195 aa  62.4  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.8 
 
 
199 aa  62  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.99 
 
 
188 aa  62  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.07 
 
 
190 aa  62  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.07 
 
 
204 aa  62  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.8 
 
 
199 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
188 aa  61.6  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.86 
 
 
201 aa  61.6  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  32.32 
 
 
202 aa  61.2  0.000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0988  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.4 
 
 
185 aa  61.2  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.88 
 
 
179 aa  61.2  0.000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
392 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.26 
 
 
199 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.08 
 
 
192 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1611  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.7 
 
 
174 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  30 
 
 
177 aa  60.1  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1915  RNA polymerase sigma factor  32.56 
 
 
189 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35016  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.07 
 
 
191 aa  60.1  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.28 
 
 
201 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  29.83 
 
 
192 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.86 
 
 
203 aa  59.7  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.84 
 
 
200 aa  59.3  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3352  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.43 
 
 
206 aa  59.7  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>