More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1353 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
260 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  69.95 
 
 
189 aa  219  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  70.81 
 
 
189 aa  202  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  62.09 
 
 
223 aa  196  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  41.3 
 
 
192 aa  122  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.53 
 
 
191 aa  117  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  43.58 
 
 
219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.57 
 
 
174 aa  112  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.67 
 
 
191 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45 
 
 
216 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  39.08 
 
 
181 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
184 aa  99.4  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.95 
 
 
187 aa  94  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  34.87 
 
 
184 aa  94  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  37.71 
 
 
181 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  35.36 
 
 
182 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  38.86 
 
 
185 aa  92.4  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  37.1 
 
 
211 aa  91.3  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  34.76 
 
 
185 aa  90.1  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  36.93 
 
 
191 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
189 aa  89.7  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.57 
 
 
180 aa  88.6  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.26 
 
 
205 aa  87.8  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  36.07 
 
 
183 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.16 
 
 
174 aa  85.1  9e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  34.59 
 
 
183 aa  85.1  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  33.7 
 
 
185 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
182 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  32.26 
 
 
184 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  32.64 
 
 
190 aa  81.3  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  35.8 
 
 
170 aa  81.6  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  33.16 
 
 
194 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  32.26 
 
 
190 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.07 
 
 
179 aa  80.5  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  32.6 
 
 
194 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  33.15 
 
 
181 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  32.79 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.23 
 
 
182 aa  79.3  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  32.79 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.6 
 
 
180 aa  79  0.00000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  33.53 
 
 
179 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.78 
 
 
182 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  34.48 
 
 
181 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  34.94 
 
 
188 aa  77.4  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  32.04 
 
 
194 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  30.11 
 
 
190 aa  73.6  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.11 
 
 
167 aa  73.2  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
188 aa  72.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  29.26 
 
 
185 aa  70.1  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  31.35 
 
 
190 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  30.27 
 
 
190 aa  68.9  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  32.46 
 
 
232 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  37.88 
 
 
224 aa  68.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2966  RNA polymerase sigma factor  26.67 
 
 
192 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000101714 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.02 
 
 
214 aa  66.2  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2758  RNA polymerase sigma factor  26.15 
 
 
192 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000734686  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2970  RNA polymerase sigma factor  26.15 
 
 
192 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000801574  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  32.45 
 
 
194 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.61 
 
 
190 aa  62.8  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.14 
 
 
198 aa  62.8  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
191 aa  62  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.79 
 
 
178 aa  61.6  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6207  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.11 
 
 
191 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.774126  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0366  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.66 
 
 
189 aa  60.8  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.61 
 
 
198 aa  60.1  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
134 aa  60.1  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  31.72 
 
 
192 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  27.53 
 
 
214 aa  59.7  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0551  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.07 
 
 
195 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  27.71 
 
 
196 aa  59.7  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.04 
 
 
192 aa  59.3  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.16 
 
 
202 aa  58.9  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.523408  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3570  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.65 
 
 
221 aa  58.9  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
239 aa  58.5  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.403353  normal  0.121928 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1532  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.16 
 
 
180 aa  58.5  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0195109  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.36 
 
 
228 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1092  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.09 
 
 
181 aa  57.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.25 
 
 
198 aa  57.4  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3887  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.09 
 
 
187 aa  57.4  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.526394  normal  0.0354938 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.05 
 
 
210 aa  57.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2755  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.09 
 
 
168 aa  57.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.81 
 
 
384 aa  57  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.46169  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.61 
 
 
230 aa  57.4  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195635  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.21 
 
 
189 aa  56.6  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3190  RNA polymerase sigma factor  22.95 
 
 
192 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3311  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.38 
 
 
182 aa  56.6  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161259  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1611  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.79 
 
 
174 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  33.53 
 
 
218 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.07 
 
 
190 aa  56.2  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4573  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.31 
 
 
206 aa  56.2  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  31.89 
 
 
212 aa  56.2  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.51 
 
 
196 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0579  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
178 aa  55.8  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0624  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 
187 aa  55.8  0.0000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.76794 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  30.16 
 
 
192 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  30.16 
 
 
192 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.48 
 
 
168 aa  55.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270397  normal  0.0409988 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4021  sigma-24 (FecI-like)  32.58 
 
 
127 aa  54.7  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.785989  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.35 
 
 
179 aa  55.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  30.16 
 
 
192 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>