More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4645 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
211 aa  425  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  53.92 
 
 
219 aa  221  8e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.78 
 
 
216 aa  192  4e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  45.98 
 
 
192 aa  149  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.62 
 
 
191 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.78 
 
 
191 aa  132  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.24 
 
 
187 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  36 
 
 
185 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  37.97 
 
 
190 aa  116  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.26 
 
 
223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  40.57 
 
 
181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.85 
 
 
189 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  40.57 
 
 
181 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  41.14 
 
 
191 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  37.71 
 
 
184 aa  112  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  33.7 
 
 
194 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  33.7 
 
 
194 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  36.97 
 
 
190 aa  105  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
174 aa  104  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  35.71 
 
 
190 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.41 
 
 
260 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.45 
 
 
189 aa  102  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  33.51 
 
 
185 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.76 
 
 
180 aa  100  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  37.64 
 
 
170 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  35.12 
 
 
184 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.62 
 
 
180 aa  99  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  36.53 
 
 
188 aa  98.2  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  37.04 
 
 
181 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  38.12 
 
 
182 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  34.76 
 
 
190 aa  96.7  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.31 
 
 
167 aa  95.1  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  31.64 
 
 
194 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  34.18 
 
 
190 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  34.52 
 
 
184 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  36.14 
 
 
232 aa  92  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  36.87 
 
 
181 aa  92  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  36.02 
 
 
178 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.41 
 
 
182 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  36.02 
 
 
178 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  35.19 
 
 
183 aa  89.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  32.32 
 
 
179 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
185 aa  88.6  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  32.16 
 
 
182 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  32.37 
 
 
185 aa  87  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  35.54 
 
 
183 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  36.08 
 
 
224 aa  85.9  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.07 
 
 
174 aa  85.5  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.17 
 
 
182 aa  85.5  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.63 
 
 
179 aa  85.5  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.75 
 
 
228 aa  84  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.52 
 
 
205 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.42 
 
 
189 aa  83.2  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.75 
 
 
198 aa  74.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.49 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.18 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.31 
 
 
181 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4913  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.31 
 
 
181 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.608282  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.95 
 
 
204 aa  72.4  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.73 
 
 
191 aa  70.5  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.9 
 
 
188 aa  69.7  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  27.27 
 
 
188 aa  69.7  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.42 
 
 
190 aa  69.3  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 
183 aa  68.6  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3852  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  25.73 
 
 
189 aa  68.2  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4772  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  29.89 
 
 
171 aa  68.2  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.336986  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  26.34 
 
 
218 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.31 
 
 
190 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
201 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.02 
 
 
190 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  27.01 
 
 
200 aa  67  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4490  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.16 
 
 
181 aa  67  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3887  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.73 
 
 
187 aa  67.4  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.526394  normal  0.0354938 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.64 
 
 
185 aa  66.6  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.75 
 
 
181 aa  66.2  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 
196 aa  66.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1958  RNA polymerase sigma factor  27.33 
 
 
192 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00853605  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2949  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.76 
 
 
196 aa  65.9  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.713286  normal  0.15342 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3190  RNA polymerase sigma factor  27.33 
 
 
192 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.78 
 
 
210 aa  65.5  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.18 
 
 
189 aa  65.5  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4795  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  29.48 
 
 
171 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.568094  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  27.61 
 
 
185 aa  65.1  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.14 
 
 
208 aa  64.7  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.99 
 
 
185 aa  64.3  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.17061 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4798  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.74 
 
 
181 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1255  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.02 
 
 
195 aa  63.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  27.61 
 
 
185 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1825  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.91 
 
 
182 aa  64.3  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.4 
 
 
179 aa  64.7  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0366  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.17 
 
 
189 aa  64.3  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.16 
 
 
215 aa  63.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3547  putative RNA polymerase sigma-e factor sigma-24  28.41 
 
 
205 aa  64.3  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.257444  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.14 
 
 
214 aa  64.3  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1348  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.32 
 
 
179 aa  63.9  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4409  RNA polymerase sigma-70 factor  30.23 
 
 
171 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4778  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  28.16 
 
 
171 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.94 
 
 
215 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.239395 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3120  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.7 
 
 
256 aa  63.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0379225  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>