More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3007 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
170 aa  339  9e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  72.02 
 
 
181 aa  247  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  73.81 
 
 
181 aa  246  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  73.21 
 
 
191 aa  244  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  73.81 
 
 
181 aa  231  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  55.36 
 
 
185 aa  180  7e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  51.45 
 
 
190 aa  172  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.45 
 
 
180 aa  122  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  39.76 
 
 
184 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  36.14 
 
 
184 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  37.95 
 
 
184 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  40.37 
 
 
185 aa  112  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  40.12 
 
 
182 aa  111  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  37.29 
 
 
192 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.53 
 
 
191 aa  107  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  34.52 
 
 
183 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  39.88 
 
 
224 aa  105  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  37.06 
 
 
185 aa  105  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  35.67 
 
 
182 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  34.3 
 
 
183 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.9 
 
 
174 aa  102  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.31 
 
 
205 aa  100  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  38.69 
 
 
219 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  33.13 
 
 
185 aa  99.8  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.98 
 
 
179 aa  98.6  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  34.71 
 
 
190 aa  97.8  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.28 
 
 
182 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  36.9 
 
 
188 aa  97.1  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.37 
 
 
182 aa  95.9  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  35.71 
 
 
190 aa  95.5  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
181 aa  95.5  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  35.98 
 
 
190 aa  94.7  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  35.71 
 
 
190 aa  94.4  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.57 
 
 
223 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  36.97 
 
 
194 aa  89  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  35.76 
 
 
194 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  31.74 
 
 
178 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  33.73 
 
 
194 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  31.74 
 
 
178 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.36 
 
 
189 aa  85.1  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.84 
 
 
187 aa  84  9e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.28 
 
 
180 aa  82.4  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.97 
 
 
189 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  37.64 
 
 
211 aa  82  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.67 
 
 
260 aa  80.5  0.000000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  32.93 
 
 
179 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.15 
 
 
189 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.12 
 
 
198 aa  74.7  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
188 aa  74.3  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.35 
 
 
190 aa  73.9  0.0000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.61 
 
 
191 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.77 
 
 
190 aa  72.4  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37.29 
 
 
195 aa  72.4  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.43 
 
 
134 aa  72  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.27 
 
 
216 aa  71.2  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.18 
 
 
190 aa  71.2  0.000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.09 
 
 
200 aa  68.9  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  33.14 
 
 
194 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.74 
 
 
174 aa  68.6  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  33.72 
 
 
202 aa  67.8  0.00000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.54 
 
 
212 aa  67.8  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.1 
 
 
216 aa  67.8  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1185  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.76 
 
 
167 aa  67.4  0.0000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47302  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  34.36 
 
 
212 aa  66.6  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
190 aa  65.5  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  30.59 
 
 
232 aa  65.5  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
190 aa  65.5  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.83 
 
 
167 aa  65.5  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
163 aa  65.1  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
196 aa  64.7  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
192 aa  64.3  0.0000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
192 aa  64.3  0.0000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
196 aa  63.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  30.82 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  30.81 
 
 
192 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.33 
 
 
187 aa  63.2  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
192 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  32.79 
 
 
218 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1125  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.01 
 
 
183 aa  63.2  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000233125  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 
185 aa  62.8  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  28.98 
 
 
223 aa  62.4  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.94 
 
 
188 aa  62.4  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.45 
 
 
183 aa  61.2  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.08 
 
 
167 aa  60.8  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.274442  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.76 
 
 
228 aa  61.2  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
185 aa  60.5  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0309  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.64 
 
 
197 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0745731 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1332  RNA polymerase sigma factor  27.81 
 
 
204 aa  60.1  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214235  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  25.64 
 
 
184 aa  58.9  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0238  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
197 aa  58.9  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  32.56 
 
 
212 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3163  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.59 
 
 
182 aa  59.3  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0261464  normal  0.157663 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4075  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
191 aa  58.9  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.713083  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.33 
 
 
188 aa  58.5  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.69 
 
 
222 aa  58.5  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01437  RNA polymerase sigma factor  27.22 
 
 
203 aa  58.5  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.69658  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 
184 aa  57.8  0.00000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.59 
 
 
174 aa  57.8  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3888  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.07 
 
 
184 aa  57.8  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.178328  normal  0.202136 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0740  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.95 
 
 
227 aa  57.8  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00362489  normal  0.246435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>