More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_1787 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 		 223 aa  448  1e-125  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  49.28 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  48.1 
 
 		 228 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  45.41 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  46.53 
 
 		 229 aa  165  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  42.58 
 
 		 226 aa  154  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  41.74 
 
 		 241 aa  154  8e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  41.1 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  33.49 
 
 		 221 aa  143  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.18 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  38.43 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  35.19 
 
 		 236 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.35 
 
 		 226 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  39.22 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  36.62 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  37.1 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  36.24 
 
 		 239 aa  132  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.74 
 
 		 243 aa  132  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.74 
 
 		 243 aa  132  6e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  33.79 
 
 		 237 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  36.28 
 
 		 223 aa  128  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.32 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  35.42 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  37.28 
 
 		 231 aa  121  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37.91 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  37.96 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  37.96 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  38.99 
 
 		 234 aa  118  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  37.96 
 
 		 235 aa  118  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  37.96 
 
 		 222 aa  118  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  37.96 
 
 		 235 aa  118  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  37.96 
 
 		 231 aa  118  6e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  39.37 
 
 		 234 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.36 
 
 		 194 aa  111  9e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.94 
 
 		 209 aa  109  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.86 
 
 		 174 aa  108  4.0000000000000004e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.84 
 
 		 185 aa  108  9.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.22 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.22 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.69 
 
 		 392 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 		 199 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 		 199 aa  105  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 		 198 aa  105  7e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 		 199 aa  105  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.36 
 
 		 259 aa  104  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.75 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.57 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  35.64 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0794  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.078533  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.64 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.25 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.25 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.94 
 
 		 192 aa  100  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.64 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.47 
 
 		 192 aa  99.8  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.41 
 
 		 192 aa  99.4  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.18 
 
 		 191 aa  98.6  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 		 192 aa  98.6  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.79 
 
 		 200 aa  98.6  7e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 		 192 aa  98.6  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 		 192 aa  98.6  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 		 192 aa  98.6  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 		 192 aa  98.2  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.96 
 
 		 192 aa  98.2  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 		 199 aa  98.2  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0874  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 		 192 aa  98.2  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.145718  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.58 
 
 		 198 aa  98.2  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 		 192 aa  98.2  9e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 		 192 aa  98.2  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  35 
 
 		 190 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 224 aa  97.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.44 
 
 		 192 aa  98.2  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 		 192 aa  97.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.16 
 
 		 220 aa  97.8  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 		 191 aa  97.4  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.96 
 
 		 192 aa  97.8  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 		 220 aa  97.8  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.81 
 
 		 208 aa  97.8  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.8 
 
 		 193 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.43 
 
 		 192 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  32.6 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>