More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3390 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
239 aa  477  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  79.41 
 
 
239 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  66.52 
 
 
241 aa  286  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  50.22 
 
 
226 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  53.78 
 
 
234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  53.04 
 
 
234 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.35 
 
 
243 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  48.61 
 
 
237 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.91 
 
 
243 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
222 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
235 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
235 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
231 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  41.86 
 
 
236 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  40.27 
 
 
237 aa  158  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  44.95 
 
 
223 aa  158  7e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  38.79 
 
 
230 aa  155  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  43.65 
 
 
226 aa  153  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.08 
 
 
226 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.77 
 
 
225 aa  146  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  40.09 
 
 
228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  39.64 
 
 
228 aa  145  5e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  37.8 
 
 
229 aa  141  7e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  36.32 
 
 
244 aa  142  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  37.04 
 
 
230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  36.24 
 
 
223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  38.43 
 
 
229 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  31.53 
 
 
221 aa  126  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.29 
 
 
222 aa  122  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.89 
 
 
184 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.36 
 
 
203 aa  111  9e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.64 
 
 
229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  36.92 
 
 
187 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.52 
 
 
199 aa  108  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.6 
 
 
193 aa  107  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.53 
 
 
199 aa  106  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2627  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.18 
 
 
211 aa  106  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.17 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.17 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.17 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.17 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.17 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.17 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.17 
 
 
392 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.17 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3274  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.67 
 
 
211 aa  104  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0690912  normal  0.387372 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.07 
 
 
224 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.82 
 
 
226 aa  103  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.67 
 
 
199 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.67 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
211 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.67 
 
 
199 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.96 
 
 
208 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  33.85 
 
 
211 aa  103  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.04 
 
 
209 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.23 
 
 
185 aa  103  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
192 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.26 
 
 
209 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
211 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.17 
 
 
199 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.17 
 
 
199 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.74 
 
 
194 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.602875  normal  0.18502 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.17 
 
 
199 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.17 
 
 
199 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.56 
 
 
190 aa  102  7e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.33 
 
 
208 aa  100  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.22 
 
 
223 aa  100  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.69 
 
 
216 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
200 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.45 
 
 
185 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.66 
 
 
199 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.33 
 
 
202 aa  99.8  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.37 
 
 
184 aa  99  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.66 
 
 
199 aa  99  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.66 
 
 
199 aa  99  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  33.51 
 
 
204 aa  98.6  7e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  31.28 
 
 
190 aa  98.6  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
191 aa  98.6  8e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
189 aa  98.6  8e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.51 
 
 
198 aa  98.2  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.96 
 
 
198 aa  97.8  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4992  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.76 
 
 
208 aa  97.4  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
192 aa  98.2  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  34.81 
 
 
200 aa  98.2  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.39 
 
 
193 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.16 
 
 
205 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.87 
 
 
194 aa  97.4  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.84 
 
 
220 aa  97.4  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.38 
 
 
193 aa  97.1  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  27.84 
 
 
183 aa  97.4  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.84 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.21 
 
 
198 aa  96.3  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.97 
 
 
193 aa  96.7  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
205 aa  96.7  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
205 aa  96.7  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.18 
 
 
206 aa  96.7  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>