More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_1062 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_1062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
194 aa  384  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.602875  normal  0.18502 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  36.84 
 
 
239 aa  103  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  34.74 
 
 
239 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.45 
 
 
189 aa  100  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1945  RNA polymerase sigma factor  32.37 
 
 
192 aa  99.4  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0207098  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3190  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
192 aa  99.4  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.18 
 
 
192 aa  98.6  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1958  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
192 aa  97.8  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00853605  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  34.48 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.48 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.16 
 
 
208 aa  97.1  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.48 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.48 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2124  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  37.16 
 
 
208 aa  97.1  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.48 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.48 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  34.48 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.48 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.48 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  95.9  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  95.9  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  95.9  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  34.9 
 
 
241 aa  95.9  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  95.9  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  95.9  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.62 
 
 
200 aa  95.9  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.3 
 
 
182 aa  95.1  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1966  RNA polymerase sigma factor  31.14 
 
 
192 aa  95.1  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2114  RNA polymerase sigma factor  31.14 
 
 
192 aa  95.1  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2148  RNA polymerase sigma factor  32.74 
 
 
192 aa  94.7  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1921  RNA polymerase sigma factor  32.37 
 
 
192 aa  94  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.64 
 
 
193 aa  93.6  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.89 
 
 
223 aa  93.6  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  92.8  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.04 
 
 
200 aa  92.8  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  92.8  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  92.8  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
191 aa  92.4  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  92  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  91.7  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  91.7  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  91.7  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.61 
 
 
201 aa  91.7  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  39.66 
 
 
228 aa  91.7  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.11 
 
 
190 aa  91.3  8e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  39.66 
 
 
228 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
208 aa  90.9  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.11 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
205 aa  90.9  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
205 aa  90.9  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1915  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.08 
 
 
195 aa  90.9  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000547521 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.32 
 
 
197 aa  90.1  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  35.23 
 
 
226 aa  90.5  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
190 aa  89.4  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
192 aa  89.4  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.03 
 
 
191 aa  89.4  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
199 aa  89.4  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
199 aa  89.4  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
206 aa  89  4e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
231 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
206 aa  89  4e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
231 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.72 
 
 
202 aa  89  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.523408  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
231 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  35.47 
 
 
190 aa  88.6  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.48 
 
 
195 aa  88.6  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.03 
 
 
194 aa  88.6  5e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2266  RNA polymerase sigma factor  32.34 
 
 
192 aa  88.6  5e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1591  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.87 
 
 
203 aa  88.6  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2195  RNA polymerase sigma factor  32.34 
 
 
192 aa  88.2  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120469  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.17 
 
 
193 aa  88.2  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
199 aa  88.2  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.83 
 
 
185 aa  88.2  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.34 
 
 
205 aa  87.8  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
222 aa  87.8  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  35.37 
 
 
167 aa  87.8  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  32.77 
 
 
183 aa  87.8  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
192 aa  88.2  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
231 aa  87.8  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
235 aa  87.8  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
235 aa  87.8  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
192 aa  87.8  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3594  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.96 
 
 
169 aa  87.8  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000219096  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.15 
 
 
185 aa  87.4  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.8 
 
 
193 aa  87  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  33.15 
 
 
204 aa  87.4  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.69 
 
 
200 aa  87.4  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
192 aa  87.8  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
192 aa  87.4  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2423  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.81 
 
 
194 aa  87.4  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.46 
 
 
191 aa  87.4  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.8 
 
 
193 aa  87  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.03 
 
 
193 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2970  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
192 aa  86.3  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000801574  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.43 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.32 
 
 
200 aa  87  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3887  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.2 
 
 
187 aa  86.3  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.526394  normal  0.0354938 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>