More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4136 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
239 aa  476  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  79.41 
 
 
239 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  65.93 
 
 
241 aa  280  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  51.07 
 
 
226 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  52 
 
 
234 aa  191  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  51.56 
 
 
234 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  51.85 
 
 
237 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.3 
 
 
243 aa  186  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.85 
 
 
243 aa  185  5e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
231 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
231 aa  177  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
235 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
235 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
231 aa  177  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  52.17 
 
 
222 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  52.17 
 
 
231 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  40.43 
 
 
230 aa  164  8e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  44.55 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  44.16 
 
 
226 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.65 
 
 
225 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  39.01 
 
 
237 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.16 
 
 
226 aa  155  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  38.3 
 
 
236 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  35.92 
 
 
244 aa  152  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  41.23 
 
 
229 aa  151  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  41.2 
 
 
230 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  40.45 
 
 
228 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  38.43 
 
 
223 aa  142  5e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  39.81 
 
 
229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  30.53 
 
 
221 aa  123  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.18 
 
 
222 aa  121  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.39 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37.43 
 
 
193 aa  108  7.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.6 
 
 
226 aa  107  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.72 
 
 
211 aa  107  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.64 
 
 
208 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.98 
 
 
189 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.52 
 
 
199 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.07 
 
 
216 aa  104  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 
194 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.602875  normal  0.18502 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.19 
 
 
184 aa  103  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.96 
 
 
191 aa  103  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
209 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.39 
 
 
211 aa  102  6e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.86 
 
 
192 aa  102  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.85 
 
 
209 aa  102  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2627  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.98 
 
 
211 aa  101  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 
220 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.83 
 
 
224 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
202 aa  100  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  35.52 
 
 
187 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.38 
 
 
199 aa  100  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3274  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.45 
 
 
211 aa  100  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0690912  normal  0.387372 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.86 
 
 
200 aa  99.4  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
205 aa  99.4  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
205 aa  99.4  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
211 aa  99.4  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.46 
 
 
208 aa  99  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.9 
 
 
223 aa  98.6  9e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.46 
 
 
185 aa  98.2  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.69 
 
 
215 aa  98.2  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31 
 
 
203 aa  97.8  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
206 aa  97.4  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
206 aa  97.4  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9374  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.63 
 
 
201 aa  97.1  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.666826 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  35.91 
 
 
200 aa  97.4  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
194 aa  97.1  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.46 
 
 
206 aa  96.7  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.03 
 
 
206 aa  95.9  5e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
192 aa  95.9  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.74 
 
 
184 aa  95.5  6e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1195  RNA polymerase sigma-24 factor  29.82 
 
 
208 aa  95.5  6e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.336736  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
200 aa  95.9  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.8 
 
 
292 aa  95.1  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.5 
 
 
206 aa  95.1  9e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.8 
 
 
288 aa  95.1  9e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  32.99 
 
 
204 aa  94.7  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  32.26 
 
 
285 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.38 
 
 
235 aa  94.7  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  30.46 
 
 
183 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.04 
 
 
203 aa  93.6  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.81 
 
 
198 aa  94  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.27 
 
 
209 aa  94  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
192 aa  94  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
208 aa  94  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.6 
 
 
193 aa  94  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.08 
 
 
192 aa  93.6  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.68 
 
 
185 aa  93.6  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.43 
 
 
303 aa  94  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  33.33 
 
 
208 aa  94  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
199 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
199 aa  93.6  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
199 aa  93.2  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
199 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.7 
 
 
196 aa  93.2  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3684  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
247 aa  92.8  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.328373  normal  0.718843 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
392 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.26 
 
 
193 aa  92.8  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
199 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>