More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS668_A0089 on replicon NC_009075
Organism: Burkholderia pseudomallei 668



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
231 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  99.57 
 
 
231 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  99.57 
 
 
231 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  99.13 
 
 
231 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  99.13 
 
 
235 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  99.13 
 
 
235 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  99.55 
 
 
222 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  82.79 
 
 
234 aa  325  3e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  82.79 
 
 
234 aa  324  7e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  61.37 
 
 
237 aa  240  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  54.13 
 
 
241 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
239 aa  199  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  51.36 
 
 
226 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  49.55 
 
 
239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.13 
 
 
243 aa  167  9e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.66 
 
 
243 aa  167  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  41.55 
 
 
229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.61 
 
 
226 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
230 aa  153  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.89 
 
 
225 aa  152  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  39.32 
 
 
236 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  39.37 
 
 
237 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  37.99 
 
 
244 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  40.4 
 
 
226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  37.28 
 
 
223 aa  145  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  39.65 
 
 
230 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  41.9 
 
 
228 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  42.38 
 
 
228 aa  142  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  39.09 
 
 
229 aa  131  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  29.25 
 
 
221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
226 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.17 
 
 
199 aa  115  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.71 
 
 
199 aa  115  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.97 
 
 
229 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.57 
 
 
199 aa  115  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.59 
 
 
206 aa  115  7.999999999999999e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
199 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  39.01 
 
 
211 aa  115  7.999999999999999e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.17 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.17 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.17 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.17 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.17 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.17 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
199 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
199 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.51 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
199 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
199 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
199 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
199 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.16 
 
 
199 aa  112  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9040  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.26 
 
 
219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.18 
 
 
193 aa  112  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
392 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.17 
 
 
199 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  38.76 
 
 
200 aa  112  5e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.95 
 
 
223 aa  112  5e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.17 
 
 
199 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.8 
 
 
206 aa  112  6e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.8 
 
 
206 aa  112  6e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.06 
 
 
203 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.22 
 
 
193 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.98 
 
 
198 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.73 
 
 
200 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.07 
 
 
211 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.76 
 
 
209 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.76 
 
 
209 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.67 
 
 
216 aa  106  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.27 
 
 
209 aa  106  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4527  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.45 
 
 
237 aa  106  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.77842 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.29 
 
 
193 aa  106  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.98 
 
 
191 aa  105  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4855  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.44 
 
 
208 aa  105  7e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.224896 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
192 aa  105  9e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4271  sigma-24 (FecI-like)  35.14 
 
 
209 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.38 
 
 
205 aa  103  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.38 
 
 
205 aa  103  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.46 
 
 
192 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
192 aa  103  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.22 
 
 
193 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.95 
 
 
193 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.95 
 
 
193 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.99 
 
 
208 aa  102  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
193 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  33.99 
 
 
208 aa  102  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  34.67 
 
 
204 aa  102  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  40.46 
 
 
196 aa  102  6e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.69 
 
 
193 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.69 
 
 
193 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.69 
 
 
193 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.69 
 
 
193 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
191 aa  101  8e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>