More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_9040 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_9040  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
219 aa  432  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  61.34 
 
 
200 aa  222  4e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  55.07 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  57.01 
 
 
246 aa  206  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000320537 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9374  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.2 
 
 
201 aa  202  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.666826 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6433  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.26 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.522555 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  58.55 
 
 
203 aa  194  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4577  sigma-70 region 2 domain-containing protein  55.31 
 
 
244 aa  192  3e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.598832  normal  0.0440159 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3106  RNA polymerase sigma factor SigM  55.14 
 
 
206 aa  189  4e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4501  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  58.42 
 
 
200 aa  187  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00313131  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4855  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.72 
 
 
208 aa  185  5e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.224896 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.14 
 
 
209 aa  184  8e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4685  RNA polymerase sigma factor SigM  54.55 
 
 
233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.501427  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.93 
 
 
303 aa  180  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  53.01 
 
 
225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  53.01 
 
 
225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  53.01 
 
 
225 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  55.62 
 
 
196 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4851  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  52.27 
 
 
196 aa  151  5.9999999999999996e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.33 
 
 
203 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4230  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.07 
 
 
212 aa  141  9e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6065  Fis family transcriptional regulator  55.69 
 
 
191 aa  131  6.999999999999999e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0601256  normal  0.104607 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0841  Fis family transcriptional regulator  53.29 
 
 
189 aa  129  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.145758 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.95 
 
 
220 aa  123  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.57 
 
 
195 aa  117  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.08 
 
 
200 aa  116  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
200 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  37.3 
 
 
204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  41.15 
 
 
237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.92 
 
 
222 aa  110  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  43.02 
 
 
234 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.07 
 
 
206 aa  109  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.57 
 
 
203 aa  109  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  42.93 
 
 
234 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
231 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
231 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.68 
 
 
201 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
231 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
222 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
235 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
235 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.36 
 
 
189 aa  107  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.44 
 
 
201 aa  106  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
231 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2486  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.88 
 
 
202 aa  106  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.86 
 
 
192 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.86 
 
 
192 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  39.44 
 
 
241 aa  105  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.56 
 
 
206 aa  102  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
202 aa  102  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.53 
 
 
199 aa  102  4e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.11 
 
 
193 aa  102  4e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.22 
 
 
182 aa  102  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.56 
 
 
197 aa  102  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.15 
 
 
199 aa  102  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  101  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.81 
 
 
192 aa  101  9e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.1 
 
 
209 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.76 
 
 
199 aa  100  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.84 
 
 
193 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.84 
 
 
193 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.84 
 
 
193 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.02 
 
 
199 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  33.84 
 
 
193 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.35 
 
 
195 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.57 
 
 
216 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.3 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.8 
 
 
193 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.76 
 
 
199 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.02 
 
 
199 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.1 
 
 
209 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.66 
 
 
193 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.02 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.02 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.02 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.02 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.41 
 
 
205 aa  99.4  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.41 
 
 
205 aa  99.4  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.49 
 
 
183 aa  99  5e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4271  sigma-24 (FecI-like)  34.95 
 
 
209 aa  99  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.76 
 
 
199 aa  99  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.39 
 
 
198 aa  98.6  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.77 
 
 
192 aa  98.6  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
199 aa  98.6  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.76 
 
 
199 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.76 
 
 
199 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.76 
 
 
199 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
200 aa  98.6  7e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.5 
 
 
202 aa  98.6  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00980912  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.76 
 
 
199 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.76 
 
 
199 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.76 
 
 
199 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>