More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4772 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
182 aa  353  5e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27120  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  42.33 
 
 
206 aa  137  6e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.337181 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.31 
 
 
189 aa  133  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.33 
 
 
186 aa  126  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4992  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.32 
 
 
208 aa  122  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
192 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.96 
 
 
190 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  38.71 
 
 
211 aa  115  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
192 aa  115  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.03 
 
 
177 aa  115  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.37 
 
 
191 aa  112  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.87 
 
 
192 aa  112  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.34 
 
 
199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.25 
 
 
191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.44 
 
 
235 aa  108  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.38 
 
 
199 aa  108  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
192 aa  107  7.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.11 
 
 
192 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.92 
 
 
199 aa  107  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  39.76 
 
 
187 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.96 
 
 
192 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.96 
 
 
192 aa  107  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.16 
 
 
199 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.63 
 
 
191 aa  107  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.96 
 
 
192 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.16 
 
 
199 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.96 
 
 
192 aa  107  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
192 aa  107  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.07 
 
 
199 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.07 
 
 
199 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.25 
 
 
198 aa  106  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.07 
 
 
199 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.16 
 
 
199 aa  106  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.12 
 
 
205 aa  106  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.12 
 
 
205 aa  106  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.16 
 
 
199 aa  106  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.07 
 
 
199 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.41 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.16 
 
 
199 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.07 
 
 
199 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.16 
 
 
199 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.07 
 
 
199 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.54 
 
 
199 aa  105  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
192 aa  105  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.07 
 
 
392 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.25 
 
 
200 aa  105  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.87 
 
 
192 aa  104  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.43 
 
 
194 aa  104  6e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.22 
 
 
292 aa  104  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  36.22 
 
 
285 aa  104  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.22 
 
 
288 aa  104  8e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.78 
 
 
208 aa  104  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.57 
 
 
200 aa  104  9e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.52 
 
 
199 aa  104  9e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
192 aa  103  9e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  37.78 
 
 
208 aa  104  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.47 
 
 
185 aa  103  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.87 
 
 
192 aa  103  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.61 
 
 
199 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.61 
 
 
199 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.12 
 
 
201 aa  103  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.61 
 
 
199 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.61 
 
 
199 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
192 aa  103  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.69 
 
 
220 aa  103  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.48 
 
 
185 aa  102  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.4 
 
 
206 aa  102  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2630  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.43 
 
 
186 aa  102  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0312805  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.75 
 
 
192 aa  101  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.87 
 
 
193 aa  101  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.02 
 
 
192 aa  100  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  37.22 
 
 
213 aa  100  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
205 aa  100  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.78 
 
 
199 aa  100  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.1 
 
 
191 aa  100  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  37.1 
 
 
191 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.1 
 
 
191 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.07 
 
 
184 aa  99.4  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.1 
 
 
191 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.1 
 
 
191 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.1 
 
 
191 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.1 
 
 
191 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  37.1 
 
 
191 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.1 
 
 
191 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.56 
 
 
191 aa  99  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.07 
 
 
222 aa  99.4  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.56 
 
 
191 aa  99  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.13 
 
 
202 aa  98.6  4e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.592334  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.56 
 
 
191 aa  99  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.56 
 
 
191 aa  99  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.22 
 
 
193 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.22 
 
 
193 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1771  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
197 aa  98.6  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000506111  hitchhiker  0.000648476 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.56 
 
 
191 aa  99  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.56 
 
 
191 aa  99  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>