More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0099 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
202 aa  411  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00980912  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
203 aa  182  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.93 
 
 
202 aa  144  8.000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.06 
 
 
223 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.33 
 
 
192 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  35.68 
 
 
200 aa  125  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.8 
 
 
195 aa  124  8.000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.92 
 
 
200 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
220 aa  118  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.85 
 
 
199 aa  118  6e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.04 
 
 
200 aa  118  6e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.64 
 
 
200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.22 
 
 
200 aa  115  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.07 
 
 
206 aa  116  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.82 
 
 
206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.6 
 
 
206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.41 
 
 
215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0132  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.06 
 
 
194 aa  110  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000156135  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.56 
 
 
206 aa  108  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.56 
 
 
206 aa  108  5e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.51 
 
 
191 aa  108  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
211 aa  108  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.68 
 
 
192 aa  108  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
208 aa  108  7.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.92 
 
 
192 aa  107  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  34.59 
 
 
204 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.42 
 
 
193 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.17 
 
 
205 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
192 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3850  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.59 
 
 
241 aa  105  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.843877  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1067  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.99 
 
 
215 aa  105  4e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0267044  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
199 aa  105  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
199 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
199 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.99 
 
 
198 aa  105  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  104  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
199 aa  104  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.55 
 
 
192 aa  104  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.96 
 
 
193 aa  104  8e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.05 
 
 
205 aa  103  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.85 
 
 
211 aa  103  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.98 
 
 
192 aa  104  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  103  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
199 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
203 aa  103  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
194 aa  103  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.81 
 
 
202 aa  103  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.92 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.43 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  32.32 
 
 
193 aa  102  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.43 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25900  RNA polymerase, sigma 29 subunit, SigE  34.55 
 
 
234 aa  102  3e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.933402 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.67 
 
 
193 aa  102  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
195 aa  102  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.95 
 
 
215 aa  102  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.7 
 
 
208 aa  102  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  33.51 
 
 
193 aa  102  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.68 
 
 
189 aa  102  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.51 
 
 
216 aa  102  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  33.7 
 
 
208 aa  102  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
199 aa  102  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.32 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.02 
 
 
211 aa  102  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
192 aa  102  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.02 
 
 
201 aa  101  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.92 
 
 
192 aa  101  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.92 
 
 
192 aa  101  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.92 
 
 
192 aa  101  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.92 
 
 
192 aa  101  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.32 
 
 
193 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.46 
 
 
224 aa  101  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.32 
 
 
193 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.32 
 
 
193 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.32 
 
 
193 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.29 
 
 
195 aa  101  7e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.61 
 
 
193 aa  101  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.61 
 
 
193 aa  101  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
192 aa  101  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
199 aa  101  9e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
199 aa  101  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
199 aa  101  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
199 aa  101  9e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
199 aa  101  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
199 aa  101  9e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
201 aa  100  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.82 
 
 
193 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.81 
 
 
198 aa  100  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.35 
 
 
218 aa  100  1e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.68 
 
 
193 aa  100  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
190 aa  100  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.16 
 
 
193 aa  100  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1519  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.85 
 
 
191 aa  100  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.15 
 
 
216 aa  100  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>