More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acel_2146 on replicon NC_008578
Organism: Acidothermus cellulolyticus 11B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008578  Acel_2146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
203 aa  397  9.999999999999999e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  57.59 
 
 
246 aa  189  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000320537 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  56.52 
 
 
213 aa  186  2e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9374  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.59 
 
 
201 aa  183  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.666826 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6433  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.85 
 
 
212 aa  179  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.522555 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4577  sigma-70 region 2 domain-containing protein  56.91 
 
 
244 aa  171  6.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.598832  normal  0.0440159 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3106  RNA polymerase sigma factor SigM  47.74 
 
 
206 aa  169  4e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9040  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.48 
 
 
219 aa  168  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  52 
 
 
200 aa  168  6e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  56.25 
 
 
303 aa  163  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4685  RNA polymerase sigma factor SigM  48.82 
 
 
233 aa  160  8.000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.501427  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4855  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.32 
 
 
208 aa  160  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.224896 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.29 
 
 
203 aa  156  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.47 
 
 
209 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4501  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.26 
 
 
200 aa  153  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00313131  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  52.69 
 
 
225 aa  148  5e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  52.1 
 
 
225 aa  148  5e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  52.1 
 
 
225 aa  148  5e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4851  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  54.29 
 
 
196 aa  146  2.0000000000000003e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  54.91 
 
 
196 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0841  Fis family transcriptional regulator  53.57 
 
 
189 aa  137  8.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.145758 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6065  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
191 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0601256  normal  0.104607 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4230  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.77 
 
 
212 aa  127  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
220 aa  119  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.22 
 
 
195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.4 
 
 
200 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  40.21 
 
 
237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
192 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
192 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.26 
 
 
206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
192 aa  109  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  35.63 
 
 
190 aa  109  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  33.53 
 
 
183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
205 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
205 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.4 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.25 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.41 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
199 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.75 
 
 
200 aa  107  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  35 
 
 
192 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
192 aa  106  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  106  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.35 
 
 
194 aa  107  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.36 
 
 
199 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
199 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.67 
 
 
226 aa  106  3e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.36 
 
 
199 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
190 aa  105  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
192 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
192 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
192 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
192 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
192 aa  105  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.2 
 
 
193 aa  105  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.08 
 
 
192 aa  104  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.96 
 
 
192 aa  104  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.39 
 
 
191 aa  104  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2320  RNA polymerase sigma-24 factor, putative  31.61 
 
 
213 aa  103  1e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.213027  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  36.36 
 
 
204 aa  104  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.28 
 
 
197 aa  103  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 
223 aa  103  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.08 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.72 
 
 
203 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34.76 
 
 
240 aa  103  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.25 
 
 
204 aa  103  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.08 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  37.31 
 
 
234 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.56 
 
 
206 aa  103  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
392 aa  102  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.08 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.73 
 
 
193 aa  102  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.08 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
199 aa  102  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.21 
 
 
189 aa  102  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09490  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  33.98 
 
 
213 aa  102  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.198222  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  36.79 
 
 
234 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.52 
 
 
212 aa  102  5e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
192 aa  102  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.25 
 
 
192 aa  101  7e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  33.7 
 
 
285 aa  101  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.14 
 
 
193 aa  101  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.33 
 
 
194 aa  100  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.24 
 
 
201 aa  100  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>