More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6256 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
237 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  65.14 
 
 
234 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  62.11 
 
 
231 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  62.11 
 
 
231 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  62.11 
 
 
231 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  62.11 
 
 
235 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  62.11 
 
 
235 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  62.11 
 
 
231 aa  241  5e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  63.76 
 
 
234 aa  241  6e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  63.89 
 
 
222 aa  241  9e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  52.31 
 
 
239 aa  209  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  54.13 
 
 
241 aa  208  7e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  50.46 
 
 
239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  49.32 
 
 
226 aa  193  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.36 
 
 
243 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.89 
 
 
243 aa  180  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  40.37 
 
 
223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  39.73 
 
 
230 aa  156  3e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  42.2 
 
 
228 aa  155  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  42.2 
 
 
228 aa  154  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  42.38 
 
 
230 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  40.2 
 
 
223 aa  150  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  38.6 
 
 
237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  38.26 
 
 
244 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  39.34 
 
 
236 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  38.1 
 
 
229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  42 
 
 
229 aa  145  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.97 
 
 
225 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  38.05 
 
 
226 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.97 
 
 
226 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.73 
 
 
229 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
221 aa  128  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.16 
 
 
226 aa  128  7.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37.1 
 
 
211 aa  119  4.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  38.89 
 
 
200 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.61 
 
 
200 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.7 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000320537 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.24 
 
 
209 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9040  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.15 
 
 
219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4577  sigma-70 region 2 domain-containing protein  37.84 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.598832  normal  0.0440159 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.66 
 
 
222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.68 
 
 
216 aa  108  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
198 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4855  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.77 
 
 
208 aa  106  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.224896 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.51 
 
 
220 aa  105  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  40.99 
 
 
196 aa  105  7e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.02 
 
 
203 aa  104  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6433  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.13 
 
 
212 aa  103  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.522555 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4685  RNA polymerase sigma factor SigM  38.95 
 
 
233 aa  103  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.501427  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3106  RNA polymerase sigma factor SigM  38.29 
 
 
206 aa  103  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.93 
 
 
199 aa  102  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.38 
 
 
193 aa  102  6e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.79 
 
 
193 aa  102  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.65 
 
 
199 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.59 
 
 
185 aa  102  8e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.65 
 
 
199 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.48 
 
 
192 aa  101  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.76 
 
 
200 aa  101  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.02 
 
 
200 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  41.04 
 
 
225 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.07 
 
 
194 aa  100  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4527  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.09 
 
 
237 aa  101  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.77842 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
205 aa  101  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  40.46 
 
 
225 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  40.46 
 
 
225 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.85 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
192 aa  99.8  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.8 
 
 
203 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9374  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.87 
 
 
201 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.666826 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  28.88 
 
 
192 aa  99.4  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
206 aa  99.4  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.65 
 
 
199 aa  99  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.93 
 
 
199 aa  99.4  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  38.89 
 
 
213 aa  98.6  7e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.81 
 
 
222 aa  98.6  8e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.11 
 
 
199 aa  98.2  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.11 
 
 
199 aa  98.2  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
206 aa  97.8  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.43 
 
 
303 aa  97.4  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 
209 aa  97.8  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.22 
 
 
195 aa  98.2  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
206 aa  97.8  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.23 
 
 
191 aa  97.8  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.95 
 
 
192 aa  97.8  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.11 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
224 aa  97.1  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.95 
 
 
192 aa  97.1  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.09 
 
 
202 aa  97.1  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00980912  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
205 aa  97.4  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
205 aa  97.4  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.07 
 
 
211 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.8 
 
 
208 aa  97.1  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.48 
 
 
192 aa  97.4  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  97.4  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.19 
 
 
223 aa  97.1  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.98 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4501  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.75 
 
 
200 aa  96.7  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00313131  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
208 aa  96.7  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
192 aa  96.7  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
215 aa  96.7  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>