More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_1243 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
244 aa  490  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  57.21 
 
 
236 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  57.64 
 
 
237 aa  262  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  51.17 
 
 
230 aa  219  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.17 
 
 
226 aa  214  9e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.67 
 
 
225 aa  202  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  52.31 
 
 
226 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  43.98 
 
 
229 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  45.45 
 
 
223 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  41.52 
 
 
241 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.82 
 
 
243 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  35.92 
 
 
239 aa  152  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.36 
 
 
243 aa  152  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  42.01 
 
 
226 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.38 
 
 
229 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  36.32 
 
 
239 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  38.39 
 
 
230 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  37.1 
 
 
223 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  37.99 
 
 
231 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 
231 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 
231 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 
235 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  37.91 
 
 
228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 
235 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 
222 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 
231 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  36.49 
 
 
228 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  38.26 
 
 
237 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  34.29 
 
 
221 aa  125  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  38.54 
 
 
229 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  37.95 
 
 
234 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  38.71 
 
 
234 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.03 
 
 
226 aa  112  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.33 
 
 
198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.56 
 
 
209 aa  108  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.9 
 
 
211 aa  107  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.27 
 
 
203 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.42 
 
 
200 aa  104  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.9 
 
 
222 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.84 
 
 
216 aa  101  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.71 
 
 
193 aa  100  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  37.84 
 
 
285 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.88 
 
 
185 aa  99.8  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2423  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
194 aa  99.8  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.3 
 
 
292 aa  99.4  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.3 
 
 
288 aa  99.4  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.89 
 
 
223 aa  99  7e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.87 
 
 
199 aa  98.6  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.7 
 
 
193 aa  98.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.88 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.88 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
200 aa  98.2  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
205 aa  97.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
205 aa  97.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.95 
 
 
199 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.15 
 
 
200 aa  97.1  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11193  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  31.12 
 
 
185 aa  96.3  4e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0527801  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.82 
 
 
220 aa  95.9  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.88 
 
 
199 aa  95.9  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.82 
 
 
392 aa  95.5  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  95.5  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.41 
 
 
199 aa  95.1  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.36 
 
 
283 aa  95.1  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.48 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.04 
 
 
205 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.14 
 
 
192 aa  94  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.67 
 
 
192 aa  94.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.33 
 
 
198 aa  94.4  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2571  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.04 
 
 
200 aa  92.8  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.84 
 
 
185 aa  92.8  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.74 
 
 
192 aa  92.4  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.4 
 
 
193 aa  92.4  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.09 
 
 
202 aa  92.4  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00980912  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.57 
 
 
192 aa  92  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
206 aa  92  8e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
206 aa  92  8e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.49 
 
 
209 aa  92  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.83 
 
 
201 aa  91.7  9e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.73 
 
 
193 aa  91.7  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.49 
 
 
209 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  29.21 
 
 
183 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.2 
 
 
205 aa  91.7  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.23 
 
 
192 aa  90.5  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.11 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>