More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Anae109_1554 on replicon NC_009675
Organism: Anaeromyxobacter sp. Fw109-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
220 aa  434  1e-121  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.58 
 
 
218 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.17 
 
 
227 aa  166  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0236127  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.23 
 
 
259 aa  151  8e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.44 
 
 
219 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21550  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  42.78 
 
 
203 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1546  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.35 
 
 
200 aa  142  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.818865  normal  0.434033 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1834  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  41.75 
 
 
203 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3638  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.08 
 
 
214 aa  129  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512029  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1422  sigma-24 (FecI)  38.89 
 
 
203 aa  121  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3933  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.08 
 
 
214 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.622801  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  34.62 
 
 
236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  34.78 
 
 
237 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2961  RNA polymerase sigma factor  33.69 
 
 
198 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0346272  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  32.49 
 
 
230 aa  97.4  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  33.16 
 
 
223 aa  97.8  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.1 
 
 
192 aa  97.1  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  33.82 
 
 
244 aa  95.9  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  31.96 
 
 
208 aa  95.5  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  35.08 
 
 
226 aa  95.5  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.67 
 
 
194 aa  95.5  6e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.17 
 
 
191 aa  95.1  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.95 
 
 
211 aa  94.7  9e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2703  RNA polymerase sigma factor  35.14 
 
 
202 aa  94.7  9e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.37559 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.28 
 
 
205 aa  94  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.87 
 
 
199 aa  94  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  93.2  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.2 
 
 
235 aa  92.8  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  93.2  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  93.2  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  93.2  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  93.2  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3393  RNA polymerase sigma factor  37.36 
 
 
197 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  92.8  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.06 
 
 
192 aa  92.8  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
392 aa  92.4  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3716  RNA polymerase sigma factor  37.36 
 
 
197 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  30.5 
 
 
191 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.5 
 
 
191 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  30.5 
 
 
191 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.82 
 
 
199 aa  92  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.95 
 
 
191 aa  92  6e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.5 
 
 
191 aa  92  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.82 
 
 
199 aa  92  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.64 
 
 
223 aa  92  6e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.06 
 
 
192 aa  91.7  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2356  RNA polymerase sigma factor  36.11 
 
 
195 aa  92  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.983663  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.12 
 
 
191 aa  91.7  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  91.7  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
199 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.44 
 
 
193 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.06 
 
 
192 aa  90.5  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  36.21 
 
 
203 aa  90.5  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.02 
 
 
208 aa  90.5  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.44 
 
 
193 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.44 
 
 
193 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.04 
 
 
192 aa  90.5  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.44 
 
 
193 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.06 
 
 
192 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0034  RNA polymerase sigma factor  36.81 
 
 
197 aa  89.7  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.06 
 
 
192 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.06 
 
 
192 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.06 
 
 
192 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.96 
 
 
193 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.93 
 
 
193 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.51 
 
 
288 aa  89.4  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.51 
 
 
292 aa  89.4  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
199 aa  89  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
199 aa  89  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0179  RNA polymerase sigma factor  35.2 
 
 
199 aa  88.6  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4892  RNA polymerase sigma factor  31.84 
 
 
188 aa  88.6  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0623356  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0874  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.02 
 
 
192 aa  88.6  7e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.145718  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0409  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.57 
 
 
205 aa  88.6  7e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.1 
 
 
191 aa  88.2  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.1 
 
 
191 aa  88.2  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.1 
 
 
191 aa  88.2  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.1 
 
 
191 aa  88.2  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.5 
 
 
192 aa  88.2  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  31.96 
 
 
193 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.51 
 
 
226 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.1 
 
 
191 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.09 
 
 
205 aa  87.8  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.09 
 
 
205 aa  87.8  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.55 
 
 
192 aa  87.8  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>