More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmz1t_2737 on replicon NC_011662
Organism: Thauera sp. MZ1T



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
203 aa  417  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  49 
 
 
208 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7017  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
202 aa  190  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00149668  hitchhiker  0.00221068 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4961  RNA polymerase sigma factor  48.69 
 
 
198 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319566  normal  0.0167527 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5514  RNA polymerase sigma factor  48.17 
 
 
198 aa  188  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000443583  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3150  RNA polymerase sigma factor  47.92 
 
 
200 aa  182  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.117727  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0008  RNA polymerase sigma factor  47.87 
 
 
199 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310546  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4546  RNA polymerase sigma factor  47.34 
 
 
199 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107247  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5690  RNA polymerase sigma factor  47.34 
 
 
217 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000954295  decreased coverage  0.000200848 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0318  RNA polymerase sigma factor  43.43 
 
 
209 aa  177  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829638  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5169  RNA polymerase sigma factor  47.34 
 
 
199 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225682  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2703  RNA polymerase sigma factor  47.57 
 
 
202 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.37559 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2961  RNA polymerase sigma factor  47.54 
 
 
198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0346272  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2368  RNA polymerase sigma factor  47.34 
 
 
201 aa  167  9e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000117265  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3285  RNA polymerase sigma factor  47.87 
 
 
201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025139  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0179  RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
199 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3172  RNA polymerase sigma factor  47.87 
 
 
201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000646713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2111  RNA polymerase sigma factor  47.87 
 
 
201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000159865  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1499  RNA polymerase sigma factor  47.87 
 
 
201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000288475  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3716  RNA polymerase sigma factor  42.55 
 
 
197 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3393  RNA polymerase sigma factor  42.55 
 
 
197 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1420  RNA polymerase sigma factor  47.87 
 
 
201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000213618  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1140  RNA polymerase sigma factor  47.87 
 
 
201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000156009  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1016  RNA polymerase sigma factor  38.65 
 
 
196 aa  159  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0034  RNA polymerase sigma factor  41.36 
 
 
197 aa  154  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4892  RNA polymerase sigma factor  43.96 
 
 
188 aa  153  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0623356  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2535  RNA polymerase sigma factor  44.26 
 
 
189 aa  142  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000915947 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2356  RNA polymerase sigma factor  42.39 
 
 
195 aa  142  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.983663  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3097  ECF family RNA polymerase sigma factor  33.87 
 
 
193 aa  118  6e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  29.44 
 
 
183 aa  98.6  5e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.52 
 
 
259 aa  91.7  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.21 
 
 
220 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
219 aa  84.7  9e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21550  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.25 
 
 
203 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1834  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.59 
 
 
203 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1546  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.7 
 
 
200 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.818865  normal  0.434033 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  31.43 
 
 
228 aa  74.7  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  29.14 
 
 
228 aa  73.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.5 
 
 
227 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0236127  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.11 
 
 
218 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  26.94 
 
 
237 aa  72  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  29.32 
 
 
223 aa  70.5  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  31.25 
 
 
229 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  25.93 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
230 aa  65.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1422  sigma-24 (FecI)  31.52 
 
 
203 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  29.21 
 
 
226 aa  64.7  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.82 
 
 
191 aa  64.3  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.48 
 
 
225 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.21 
 
 
211 aa  63.2  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.32 
 
 
226 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.45 
 
 
192 aa  62  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  27.33 
 
 
229 aa  61.6  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3638  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
214 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512029  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.59 
 
 
200 aa  60.5  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  32.1 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.1 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  32.1 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.1 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.1 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.1 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.1 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.1 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4530  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.44 
 
 
224 aa  59.7  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.86 
 
 
198 aa  58.9  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  26.7 
 
 
244 aa  59.3  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.1 
 
 
191 aa  59.3  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.48 
 
 
191 aa  58.9  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  32.5 
 
 
230 aa  58.9  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0529  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.71 
 
 
322 aa  58.5  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.954503 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.44 
 
 
199 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.48 
 
 
191 aa  58.5  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.48 
 
 
191 aa  58.5  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.48 
 
 
191 aa  58.5  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.48 
 
 
191 aa  58.5  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.48 
 
 
191 aa  58.5  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.93 
 
 
190 aa  58.2  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.44 
 
 
199 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.44 
 
 
199 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.44 
 
 
199 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.44 
 
 
199 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.44 
 
 
199 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.44 
 
 
199 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1106  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.7 
 
 
201 aa  58.2  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.59449  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.7 
 
 
199 aa  58.2  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3251  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.7 
 
 
201 aa  58.2  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145067 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0394  RNA polymerase factor sigma-70  29.34 
 
 
441 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.122831 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.04 
 
 
392 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
222 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.95 
 
 
249 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.02 
 
 
191 aa  57.4  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.26 
 
 
199 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.01 
 
 
199 aa  56.6  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0262  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.01 
 
 
356 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.56 
 
 
215 aa  56.6  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3933  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
214 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.622801  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.59 
 
 
182 aa  57  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0149  RNA polymerase factor sigma-70  26.82 
 
 
340 aa  57  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
192 aa  57  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1140  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.7 
 
 
201 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.556495  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>