More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_7017 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_7017  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
202 aa  413  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00149668  hitchhiker  0.00221068 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5514  RNA polymerase sigma factor  75.9 
 
 
198 aa  316  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000443583  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4961  RNA polymerase sigma factor  75.9 
 
 
198 aa  315  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319566  normal  0.0167527 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0008  RNA polymerase sigma factor  75.38 
 
 
199 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310546  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5690  RNA polymerase sigma factor  73.85 
 
 
217 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000954295  decreased coverage  0.000200848 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5169  RNA polymerase sigma factor  73.33 
 
 
199 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225682  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4546  RNA polymerase sigma factor  72.82 
 
 
199 aa  305  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107247  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2368  RNA polymerase sigma factor  74.5 
 
 
201 aa  296  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000117265  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1420  RNA polymerase sigma factor  74.5 
 
 
201 aa  291  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000213618  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2111  RNA polymerase sigma factor  74.5 
 
 
201 aa  291  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000159865  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1140  RNA polymerase sigma factor  74.5 
 
 
201 aa  291  4e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000156009  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1499  RNA polymerase sigma factor  74.5 
 
 
201 aa  291  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000288475  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3172  RNA polymerase sigma factor  74 
 
 
201 aa  290  9e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000646713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3285  RNA polymerase sigma factor  74 
 
 
201 aa  290  9e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025139  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
203 aa  190  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0318  RNA polymerase sigma factor  43.52 
 
 
209 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829638  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  48.33 
 
 
208 aa  176  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3150  RNA polymerase sigma factor  44.2 
 
 
200 aa  164  9e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.117727  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3393  RNA polymerase sigma factor  45.9 
 
 
197 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3716  RNA polymerase sigma factor  45.9 
 
 
197 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0179  RNA polymerase sigma factor  46.7 
 
 
199 aa  157  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0034  RNA polymerase sigma factor  44.57 
 
 
197 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1016  RNA polymerase sigma factor  40.45 
 
 
196 aa  150  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2961  RNA polymerase sigma factor  43.02 
 
 
198 aa  147  8e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0346272  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2703  RNA polymerase sigma factor  45.81 
 
 
202 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.37559 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4892  RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
188 aa  145  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0623356  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2356  RNA polymerase sigma factor  44.12 
 
 
195 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.983663  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2535  RNA polymerase sigma factor  49.43 
 
 
189 aa  126  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000915947 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3097  ECF family RNA polymerase sigma factor  29.44 
 
 
193 aa  88.6  5e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.28 
 
 
225 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.36 
 
 
220 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  24.59 
 
 
183 aa  71.6  0.000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.17 
 
 
226 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  31.11 
 
 
228 aa  68.6  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  29.44 
 
 
229 aa  68.2  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.41 
 
 
219 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.33 
 
 
259 aa  65.5  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  30.56 
 
 
228 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.04 
 
 
218 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1546  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.32 
 
 
200 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.818865  normal  0.434033 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21550  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.47 
 
 
203 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1834  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.82 
 
 
203 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  28.32 
 
 
237 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  29.55 
 
 
229 aa  59.7  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.33 
 
 
200 aa  59.3  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  26.06 
 
 
236 aa  58.9  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.11 
 
 
214 aa  58.5  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.560413  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.29 
 
 
182 aa  57.8  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3699  sigma-24 (FecI-like)  26.47 
 
 
203 aa  57.8  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0644917  normal  0.86875 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 
200 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
227 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0236127  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
198 aa  56.2  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  27.46 
 
 
226 aa  55.8  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3423  RNA polymerase sigma factor  25.26 
 
 
191 aa  55.8  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  27.27 
 
 
244 aa  55.8  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  25.32 
 
 
194 aa  54.7  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
200 aa  54.3  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4309  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.02 
 
 
320 aa  54.7  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.149401  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  28.83 
 
 
223 aa  53.9  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.4 
 
 
198 aa  53.5  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.97 
 
 
199 aa  53.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.7 
 
 
199 aa  53.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.14 
 
 
189 aa  53.5  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.7 
 
 
199 aa  53.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
199 aa  52.8  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.7 
 
 
189 aa  52.4  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.17 
 
 
211 aa  52.4  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28 
 
 
205 aa  52  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1422  sigma-24 (FecI)  30.92 
 
 
203 aa  52  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  23.86 
 
 
190 aa  51.2  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.84 
 
 
199 aa  51.2  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1836  sigma-24 (FecI)  39.02 
 
 
191 aa  50.8  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.38 
 
 
197 aa  51.2  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  24.42 
 
 
230 aa  50.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0529  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.59 
 
 
322 aa  51.2  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.954503 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3274  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
211 aa  50.1  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0690912  normal  0.387372 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3056  RNA polymerase sigma factor  25.29 
 
 
203 aa  50.1  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331913  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  27.87 
 
 
241 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.37 
 
 
325 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00160316  normal  0.311715 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2627  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.01 
 
 
211 aa  49.7  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.84 
 
 
199 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.43 
 
 
192 aa  50.1  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0262  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.22 
 
 
356 aa  49.3  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.95 
 
 
186 aa  49.3  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  33.14 
 
 
234 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.15 
 
 
199 aa  48.9  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.15 
 
 
199 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
235 aa  48.9  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.15 
 
 
199 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.91 
 
 
204 aa  48.9  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.15 
 
 
199 aa  48.5  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.6 
 
 
199 aa  48.9  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3279  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.07 
 
 
339 aa  48.5  0.00006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.15 
 
 
199 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.15 
 
 
199 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.15 
 
 
199 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.52 
 
 
292 aa  48.5  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  32.39 
 
 
182 aa  48.5  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  28.02 
 
 
223 aa  48.5  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.52 
 
 
288 aa  48.5  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>