177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3716 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3393  RNA polymerase sigma factor  99.49 
 
 
197 aa  400  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3716  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
197 aa  401  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0034  RNA polymerase sigma factor  90.86 
 
 
197 aa  370  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0179  RNA polymerase sigma factor  68.25 
 
 
199 aa  275  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2961  RNA polymerase sigma factor  53.16 
 
 
198 aa  206  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0346272  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4892  RNA polymerase sigma factor  47.67 
 
 
188 aa  192  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0623356  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2356  RNA polymerase sigma factor  48.42 
 
 
195 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.983663  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2535  RNA polymerase sigma factor  50.26 
 
 
189 aa  171  9e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000915947 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  42.55 
 
 
203 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7017  RNA polymerase sigma factor  45.9 
 
 
202 aa  159  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00149668  hitchhiker  0.00221068 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0318  RNA polymerase sigma factor  39.47 
 
 
209 aa  155  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829638  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5514  RNA polymerase sigma factor  42.05 
 
 
198 aa  151  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000443583  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  40.64 
 
 
208 aa  150  8e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4961  RNA polymerase sigma factor  41.54 
 
 
198 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319566  normal  0.0167527 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4546  RNA polymerase sigma factor  41.54 
 
 
199 aa  147  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107247  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5690  RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
217 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000954295  decreased coverage  0.000200848 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1016  RNA polymerase sigma factor  36.92 
 
 
196 aa  144  6e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3150  RNA polymerase sigma factor  41.8 
 
 
200 aa  144  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.117727  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5169  RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
199 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225682  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2368  RNA polymerase sigma factor  45.65 
 
 
201 aa  144  9e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000117265  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3285  RNA polymerase sigma factor  44.81 
 
 
201 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025139  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3172  RNA polymerase sigma factor  44.81 
 
 
201 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000646713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2111  RNA polymerase sigma factor  44.26 
 
 
201 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000159865  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0008  RNA polymerase sigma factor  40.51 
 
 
199 aa  142  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310546  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1140  RNA polymerase sigma factor  44.26 
 
 
201 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000156009  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1420  RNA polymerase sigma factor  44.26 
 
 
201 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000213618  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1499  RNA polymerase sigma factor  43.72 
 
 
201 aa  140  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000288475  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2703  RNA polymerase sigma factor  40.31 
 
 
202 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.37559 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3097  ECF family RNA polymerase sigma factor  29.61 
 
 
193 aa  95.1  7e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.36 
 
 
220 aa  92.8  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  30.22 
 
 
183 aa  89.7  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1834  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.38 
 
 
203 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21550  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.75 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.65 
 
 
218 aa  72.4  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1546  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
200 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.818865  normal  0.434033 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.65 
 
 
259 aa  64.7  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.22 
 
 
227 aa  64.7  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0236127  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  24.7 
 
 
194 aa  61.6  0.000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1422  sigma-24 (FecI)  30.57 
 
 
203 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.63 
 
 
219 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
191 aa  56.6  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  26.11 
 
 
236 aa  55.5  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  29.76 
 
 
234 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  29.48 
 
 
234 aa  53.9  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  26.63 
 
 
228 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3638  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.67 
 
 
214 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512029  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  27.17 
 
 
228 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2518  RNA polymerase factor sigma-70  29.17 
 
 
360 aa  53.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.327804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  26.82 
 
 
226 aa  52.4  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  29.94 
 
 
231 aa  52.4  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  29.94 
 
 
231 aa  52  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  29.94 
 
 
231 aa  52.4  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  26.14 
 
 
229 aa  52.4  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  26.26 
 
 
237 aa  51.2  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.07 
 
 
243 aa  51.2  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  26.44 
 
 
203 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  25.86 
 
 
203 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.07 
 
 
243 aa  50.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0519  RNA polymerase factor sigma-70  27.12 
 
 
330 aa  50.1  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.503783  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  25.28 
 
 
244 aa  50.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3933  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.12 
 
 
214 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.622801  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5176  RNA polymerase sigma-70 family protein  27.01 
 
 
188 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  29.34 
 
 
222 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  23.56 
 
 
203 aa  49.7  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.66 
 
 
216 aa  49.3  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  29.34 
 
 
231 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  29.34 
 
 
235 aa  49.3  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  29.34 
 
 
235 aa  49.3  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3594  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.42 
 
 
169 aa  49.7  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000219096  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.26 
 
 
223 aa  48.9  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  23.7 
 
 
223 aa  49.3  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5300  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.93 
 
 
351 aa  48.5  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0149  RNA polymerase factor sigma-70  28.83 
 
 
340 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  28.12 
 
 
188 aa  48.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  25 
 
 
180 aa  48.5  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1836  sigma-24 (FecI)  27.37 
 
 
191 aa  48.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4403  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.21 
 
 
192 aa  48.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0790596  normal  0.211953 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0394  RNA polymerase factor sigma-70  29.09 
 
 
441 aa  48.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.122831 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
200 aa  48.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2534  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.42 
 
 
171 aa  47.8  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.389913  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0529  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.14 
 
 
322 aa  47.4  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.954503 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.51 
 
 
204 aa  47.4  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.43 
 
 
225 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1587  RNA polymerase factor sigma-70  23.84 
 
 
188 aa  46.6  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  4.40147e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0362  RNA polymerase sigma factor  26.01 
 
 
188 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  30.41 
 
 
229 aa  46.6  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1803  RNA polymerase factor sigma-70  23.84 
 
 
188 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1218  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.4 
 
 
227 aa  47  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  23.98 
 
 
203 aa  47  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.49 
 
 
172 aa  46.6  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1768  RNA polymerase factor sigma-70  23.26 
 
 
188 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.203942  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  28.07 
 
 
226 aa  46.2  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3943  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.39 
 
 
171 aa  46.2  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00832722  normal  0.03391 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0954  RNA polymerase sigma-70 factor  21.71 
 
 
197 aa  46.2  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0727  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.39 
 
 
171 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0906703  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1626  RNA polymerase factor sigma-70  23.53 
 
 
188 aa  45.8  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000238323  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1753  RNA polymerase factor sigma-70  23.53 
 
 
188 aa  45.8  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000792088  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0093  RNA polymerase sigma factor  26.34 
 
 
203 aa  45.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3681  RNA polymerase sigma factor  23.98 
 
 
207 aa  45.4  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  23.98 
 
 
189 aa  45.4  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>