More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A0179 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A0179  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
199 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3716  RNA polymerase sigma factor  68.25 
 
 
197 aa  275  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3393  RNA polymerase sigma factor  68.62 
 
 
197 aa  275  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0034  RNA polymerase sigma factor  68.98 
 
 
197 aa  271  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2961  RNA polymerase sigma factor  54.21 
 
 
198 aa  214  8e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0346272  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4892  RNA polymerase sigma factor  53.16 
 
 
188 aa  200  9e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0623356  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2356  RNA polymerase sigma factor  52.75 
 
 
195 aa  195  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.983663  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2535  RNA polymerase sigma factor  53.51 
 
 
189 aa  181  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000915947 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0318  RNA polymerase sigma factor  47.06 
 
 
209 aa  173  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829638  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  44.15 
 
 
208 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
203 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1016  RNA polymerase sigma factor  44.09 
 
 
196 aa  161  5.0000000000000005e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7017  RNA polymerase sigma factor  46.7 
 
 
202 aa  157  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00149668  hitchhiker  0.00221068 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3150  RNA polymerase sigma factor  43.09 
 
 
200 aa  154  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.117727  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4546  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 
199 aa  154  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107247  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5690  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 
217 aa  154  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000954295  decreased coverage  0.000200848 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5514  RNA polymerase sigma factor  45.64 
 
 
198 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000443583  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5169  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 
199 aa  153  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225682  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4961  RNA polymerase sigma factor  45.13 
 
 
198 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319566  normal  0.0167527 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0008  RNA polymerase sigma factor  45.13 
 
 
199 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310546  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2368  RNA polymerase sigma factor  45.13 
 
 
201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000117265  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3172  RNA polymerase sigma factor  45.64 
 
 
201 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000646713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3285  RNA polymerase sigma factor  45.64 
 
 
201 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025139  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1499  RNA polymerase sigma factor  45.13 
 
 
201 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000288475  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1140  RNA polymerase sigma factor  45.13 
 
 
201 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000156009  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1420  RNA polymerase sigma factor  45.13 
 
 
201 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000213618  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2111  RNA polymerase sigma factor  45.13 
 
 
201 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000159865  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2703  RNA polymerase sigma factor  44.74 
 
 
202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.37559 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  30.77 
 
 
183 aa  96.3  3e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3097  ECF family RNA polymerase sigma factor  33.52 
 
 
193 aa  96.3  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.2 
 
 
220 aa  88.6  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.24 
 
 
218 aa  71.2  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  33.88 
 
 
228 aa  69.7  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  34.12 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1546  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.85 
 
 
200 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.818865  normal  0.434033 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.61 
 
 
227 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0236127  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1834  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.05 
 
 
203 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21550  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.69 
 
 
203 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  31.18 
 
 
226 aa  64.7  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.05 
 
 
187 aa  64.3  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1422  sigma-24 (FecI)  32.48 
 
 
203 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.96 
 
 
259 aa  63.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.27 
 
 
219 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  27.16 
 
 
194 aa  62.4  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  32.75 
 
 
234 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  29.57 
 
 
229 aa  60.5  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  31.71 
 
 
234 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.01 
 
 
200 aa  58.9  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.95 
 
 
243 aa  58.9  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.32 
 
 
216 aa  58.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.95 
 
 
243 aa  58.2  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
231 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  31.67 
 
 
229 aa  58.2  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
231 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
231 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
231 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
235 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
222 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  27.65 
 
 
223 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
235 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  30.18 
 
 
230 aa  56.2  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0519  RNA polymerase factor sigma-70  30.22 
 
 
330 aa  56.2  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.503783  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  31.02 
 
 
239 aa  55.8  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0529  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 
322 aa  54.7  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.954503 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  29.38 
 
 
244 aa  53.9  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  26.79 
 
 
203 aa  54.3  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3232  RNA polymerase factor sigma-70  29.55 
 
 
334 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0107051  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.9 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3318  RNA polymerase factor sigma-70  29.55 
 
 
334 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  26.63 
 
 
203 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  25.44 
 
 
189 aa  52.4  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
226 aa  52  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.44 
 
 
223 aa  52  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  29.07 
 
 
239 aa  52  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5300  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.85 
 
 
351 aa  51.6  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  31.91 
 
 
230 aa  51.6  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.07 
 
 
211 aa  50.8  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4309  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 
320 aa  50.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.149401  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0289  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.14 
 
 
207 aa  51.2  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  26.14 
 
 
237 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3933  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.75 
 
 
214 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.622801  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2518  RNA polymerase factor sigma-70  29.11 
 
 
360 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.327804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  26.04 
 
 
189 aa  50.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.49 
 
 
191 aa  50.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  24.86 
 
 
236 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5141  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.14 
 
 
196 aa  50.4  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.440506 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3681  RNA polymerase sigma factor  25.44 
 
 
207 aa  50.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2423  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.32 
 
 
193 aa  50.1  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.49 
 
 
212 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3352  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.88 
 
 
206 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  26.71 
 
 
180 aa  49.7  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2534  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.16 
 
 
171 aa  49.7  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.389913  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.98 
 
 
204 aa  49.7  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0727  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.08 
 
 
171 aa  49.3  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0906703  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  27.22 
 
 
203 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3056  RNA polymerase sigma factor  24.26 
 
 
203 aa  48.9  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331913  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  32.98 
 
 
188 aa  49.3  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.12 
 
 
200 aa  49.3  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.27 
 
 
229 aa  49.3  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>