More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_1836 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
197 aa  404  1.0000000000000001e-112  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2826  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  38.02 
 
 
208 aa  128  6e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.1 
 
 
198 aa  125  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.62 
 
 
206 aa  119  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.95 
 
 
193 aa  119  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.95 
 
 
206 aa  118  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.98 
 
 
193 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.98 
 
 
193 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
184 aa  114  6.9999999999999995e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.38 
 
 
218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.45 
 
 
193 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
211 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.45 
 
 
193 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  34.24 
 
 
208 aa  111  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.79 
 
 
215 aa  112  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
206 aa  111  5e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.24 
 
 
208 aa  111  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
206 aa  111  5e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  111  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  111  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  111  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  111  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.97 
 
 
200 aa  111  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  32.45 
 
 
193 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.87 
 
 
206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.68 
 
 
199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.43 
 
 
201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.68 
 
 
199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.68 
 
 
199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.68 
 
 
199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.68 
 
 
199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.87 
 
 
192 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.02 
 
 
200 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.68 
 
 
199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.68 
 
 
199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.95 
 
 
192 aa  109  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.68 
 
 
392 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0706  RNA polymerase sigma factor  33.49 
 
 
232 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.438313  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  33.71 
 
 
183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  108  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  35.56 
 
 
190 aa  108  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  108  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.69 
 
 
198 aa  108  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  108  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.64 
 
 
199 aa  108  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.41 
 
 
192 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.46 
 
 
193 aa  108  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.69 
 
 
199 aa  108  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.64 
 
 
199 aa  107  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.43 
 
 
192 aa  107  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
190 aa  107  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.51 
 
 
191 aa  105  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.8 
 
 
192 aa  105  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
224 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 
211 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
209 aa  105  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.81 
 
 
193 aa  105  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
220 aa  105  6e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.89 
 
 
208 aa  104  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.98 
 
 
216 aa  104  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  104  8e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.67 
 
 
223 aa  103  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
208 aa  103  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  33.88 
 
 
233 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
192 aa  104  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4364  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.85 
 
 
217 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  33.89 
 
 
204 aa  103  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.41 
 
 
205 aa  103  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  34.24 
 
 
205 aa  103  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
192 aa  102  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
192 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
192 aa  102  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0241  RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
202 aa  101  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.421712  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 
192 aa  101  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
184 aa  101  8e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.41 
 
 
218 aa  100  1e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0252  RNA polymerase sigma factor  34.78 
 
 
202 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.105605  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4992  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.28 
 
 
208 aa  100  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  34.43 
 
 
249 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>