More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_5169 on replicon NC_008061
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008061  Bcen_5169  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
199 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225682  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5690  RNA polymerase sigma factor  99.5 
 
 
217 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000954295  decreased coverage  0.000200848 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4546  RNA polymerase sigma factor  98.49 
 
 
199 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107247  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0008  RNA polymerase sigma factor  89.95 
 
 
199 aa  374  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310546  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5514  RNA polymerase sigma factor  89.39 
 
 
198 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000443583  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4961  RNA polymerase sigma factor  90.4 
 
 
198 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319566  normal  0.0167527 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2368  RNA polymerase sigma factor  81.63 
 
 
201 aa  321  6e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000117265  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3172  RNA polymerase sigma factor  81.12 
 
 
201 aa  315  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000646713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3285  RNA polymerase sigma factor  81.12 
 
 
201 aa  315  2e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025139  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2111  RNA polymerase sigma factor  80.61 
 
 
201 aa  314  6e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000159865  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1140  RNA polymerase sigma factor  80.61 
 
 
201 aa  314  6e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000156009  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1420  RNA polymerase sigma factor  80.61 
 
 
201 aa  314  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000213618  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1499  RNA polymerase sigma factor  80.61 
 
 
201 aa  313  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000288475  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7017  RNA polymerase sigma factor  73.33 
 
 
202 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00149668  hitchhiker  0.00221068 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  47.34 
 
 
203 aa  177  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  48.88 
 
 
208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0318  RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
209 aa  171  5e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829638  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3150  RNA polymerase sigma factor  43.65 
 
 
200 aa  153  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.117727  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0179  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 
199 aa  153  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1016  RNA polymerase sigma factor  41.57 
 
 
196 aa  153  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2703  RNA polymerase sigma factor  47.78 
 
 
202 aa  147  8e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.37559 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3393  RNA polymerase sigma factor  42.62 
 
 
197 aa  144  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3716  RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
197 aa  144  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0034  RNA polymerase sigma factor  42.35 
 
 
197 aa  143  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4892  RNA polymerase sigma factor  44.2 
 
 
188 aa  142  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0623356  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2961  RNA polymerase sigma factor  43.02 
 
 
198 aa  141  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0346272  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2356  RNA polymerase sigma factor  43.68 
 
 
195 aa  124  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.983663  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2535  RNA polymerase sigma factor  45.81 
 
 
189 aa  123  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000915947 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3097  ECF family RNA polymerase sigma factor  28.89 
 
 
193 aa  90.1  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.16 
 
 
220 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.87 
 
 
218 aa  75.9  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.81 
 
 
259 aa  74.7  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.35 
 
 
225 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  30.86 
 
 
229 aa  71.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  31.18 
 
 
228 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  30.11 
 
 
228 aa  65.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.25 
 
 
226 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  24.48 
 
 
183 aa  64.7  0.0000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1546  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.46 
 
 
200 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.818865  normal  0.434033 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.01 
 
 
200 aa  63.9  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.9 
 
 
219 aa  63.2  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1834  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.82 
 
 
203 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  29.07 
 
 
244 aa  62.4  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.3 
 
 
211 aa  60.8  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.41 
 
 
209 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.59 
 
 
227 aa  60.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0236127  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.41 
 
 
209 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.05 
 
 
192 aa  60.1  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2423  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.12 
 
 
194 aa  60.1  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  25.95 
 
 
236 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21550  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.17 
 
 
203 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  27.81 
 
 
230 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1555  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.5 
 
 
324 aa  58.9  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  28.96 
 
 
241 aa  58.5  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  25 
 
 
189 aa  58.2  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.82 
 
 
189 aa  57.4  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.29 
 
 
198 aa  57.4  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.83 
 
 
198 aa  57.4  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  26.4 
 
 
237 aa  57.4  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0262  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.48 
 
 
356 aa  57.4  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3699  sigma-24 (FecI-like)  25.88 
 
 
203 aa  57  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0644917  normal  0.86875 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3266  RNA polymerase factor sigma-70  27.17 
 
 
337 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0791404 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4309  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.47 
 
 
320 aa  57  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.149401  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.62 
 
 
197 aa  56.6  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  26.47 
 
 
226 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28 
 
 
205 aa  57.4  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2425  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.98 
 
 
332 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.780631  normal  0.680607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3638  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.26 
 
 
214 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512029  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.28 
 
 
208 aa  56.6  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  24.28 
 
 
208 aa  56.6  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  24.42 
 
 
189 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10183  RNA polymerase factor sigma-70  29.02 
 
 
370 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4403  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.98 
 
 
192 aa  55.5  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0790596  normal  0.211953 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3164  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.99 
 
 
168 aa  55.5  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.16 
 
 
199 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.58 
 
 
199 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.58 
 
 
199 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.35 
 
 
223 aa  54.7  0.0000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.79 
 
 
199 aa  53.9  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.04 
 
 
196 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1438  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.68 
 
 
167 aa  54.3  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  27.75 
 
 
223 aa  53.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5003  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.73 
 
 
209 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.64 
 
 
192 aa  53.9  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2937  RNA polymerase factor sigma-70  26.32 
 
 
357 aa  53.9  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0803223  normal  0.127014 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1422  sigma-24 (FecI)  30.32 
 
 
203 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  27.84 
 
 
229 aa  53.9  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  25.44 
 
 
239 aa  53.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.46 
 
 
214 aa  53.5  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.560413  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.83 
 
 
193 aa  53.5  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.99 
 
 
193 aa  52.8  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.878683 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4271  sigma-24 (FecI-like)  28.57 
 
 
209 aa  52.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0529  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.74 
 
 
322 aa  52.8  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.954503 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.15 
 
 
209 aa  53.1  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.58 
 
 
192 aa  52.8  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3352  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.86 
 
 
206 aa  52.8  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  24.42 
 
 
189 aa  52.4  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4037  RNA polymerase factor sigma-70  27.56 
 
 
329 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  30.18 
 
 
234 aa  52.4  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.63 
 
 
182 aa  52  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>