More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5514 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5514  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
198 aa  408  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000443583  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4961  RNA polymerase sigma factor  98.99 
 
 
198 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319566  normal  0.0167527 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0008  RNA polymerase sigma factor  91.41 
 
 
199 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310546  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4546  RNA polymerase sigma factor  89.9 
 
 
199 aa  370  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107247  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5690  RNA polymerase sigma factor  89.9 
 
 
217 aa  370  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000954295  decreased coverage  0.000200848 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5169  RNA polymerase sigma factor  89.39 
 
 
199 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225682  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7017  RNA polymerase sigma factor  75.9 
 
 
202 aa  316  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00149668  hitchhiker  0.00221068 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2368  RNA polymerase sigma factor  79.08 
 
 
201 aa  315  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000117265  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3285  RNA polymerase sigma factor  78.57 
 
 
201 aa  309  2e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025139  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3172  RNA polymerase sigma factor  78.57 
 
 
201 aa  309  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000646713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2111  RNA polymerase sigma factor  78.06 
 
 
201 aa  307  5e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000159865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1420  RNA polymerase sigma factor  78.06 
 
 
201 aa  307  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000213618  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1140  RNA polymerase sigma factor  78.06 
 
 
201 aa  307  5e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000156009  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1499  RNA polymerase sigma factor  78.06 
 
 
201 aa  307  8e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000288475  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  48.17 
 
 
203 aa  188  4e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  49.18 
 
 
208 aa  186  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0318  RNA polymerase sigma factor  43.81 
 
 
209 aa  176  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829638  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3150  RNA polymerase sigma factor  43.58 
 
 
200 aa  159  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.117727  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1016  RNA polymerase sigma factor  41.57 
 
 
196 aa  156  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0179  RNA polymerase sigma factor  45.64 
 
 
199 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3716  RNA polymerase sigma factor  42.05 
 
 
197 aa  151  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0034  RNA polymerase sigma factor  42.56 
 
 
197 aa  150  8e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3393  RNA polymerase sigma factor  43.72 
 
 
197 aa  150  8e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4892  RNA polymerase sigma factor  45.71 
 
 
188 aa  147  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0623356  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2703  RNA polymerase sigma factor  44.94 
 
 
202 aa  147  7e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.37559 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2961  RNA polymerase sigma factor  43.1 
 
 
198 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0346272  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2356  RNA polymerase sigma factor  43.72 
 
 
195 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.983663  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2535  RNA polymerase sigma factor  45.4 
 
 
189 aa  122  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000915947 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3097  ECF family RNA polymerase sigma factor  27.93 
 
 
193 aa  86.7  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.56 
 
 
259 aa  79.7  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
220 aa  78.6  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.66 
 
 
218 aa  75.5  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  30.59 
 
 
229 aa  72.4  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  32.22 
 
 
228 aa  70.5  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
225 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1555  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.28 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  24.47 
 
 
183 aa  67.4  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.11 
 
 
219 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.28 
 
 
226 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.55 
 
 
227 aa  65.9  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0236127  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.01 
 
 
200 aa  64.3  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  26.16 
 
 
189 aa  63.5  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.35 
 
 
182 aa  62.4  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  28.74 
 
 
244 aa  62.4  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  29.89 
 
 
241 aa  62  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2425  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.02 
 
 
332 aa  61.2  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.780631  normal  0.680607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3638  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.32 
 
 
214 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512029  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  28.31 
 
 
226 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  24.86 
 
 
236 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0262  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.75 
 
 
356 aa  61.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1546  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.03 
 
 
200 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.818865  normal  0.434033 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1834  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.52 
 
 
203 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  25.58 
 
 
189 aa  60.1  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.3 
 
 
189 aa  60.1  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.65 
 
 
325 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00160316  normal  0.311715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21550  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.17 
 
 
203 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4593  RNA polymerase factor sigma-70  29.84 
 
 
365 aa  58.9  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.145917  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3423  RNA polymerase sigma factor  24.43 
 
 
191 aa  58.5  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  27.91 
 
 
230 aa  58.2  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2423  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.56 
 
 
194 aa  58.2  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3699  sigma-24 (FecI-like)  25.88 
 
 
203 aa  57.8  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0644917  normal  0.86875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  26.82 
 
 
189 aa  57.8  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.17 
 
 
199 aa  57.4  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 
239 aa  57.4  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.09 
 
 
193 aa  57.4  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4403  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.99 
 
 
192 aa  56.6  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0790596  normal  0.211953 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  27.17 
 
 
237 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0982  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.22 
 
 
185 aa  57  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.614695  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
197 aa  57  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4530  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.65 
 
 
224 aa  56.6  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1438  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.99 
 
 
167 aa  56.2  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.27 
 
 
211 aa  55.8  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  24.68 
 
 
194 aa  55.8  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  28.16 
 
 
223 aa  55.5  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.79 
 
 
196 aa  55.5  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.4 
 
 
198 aa  55.5  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0529  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
322 aa  55.5  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.954503 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3164  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.99 
 
 
168 aa  55.1  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  26.63 
 
 
190 aa  55.1  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3895  sigma-24 (FecI-like)  28 
 
 
163 aa  54.7  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4309  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.83 
 
 
320 aa  54.3  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.149401  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.74 
 
 
243 aa  54.3  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5300  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.71 
 
 
351 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.54 
 
 
214 aa  54.7  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.560413  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.86 
 
 
185 aa  53.9  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  28.26 
 
 
221 aa  53.5  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.53 
 
 
198 aa  53.5  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  26.9 
 
 
239 aa  53.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.74 
 
 
243 aa  53.9  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4893  RNA polymerase factor sigma-70  27.59 
 
 
334 aa  53.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.81 
 
 
209 aa  53.5  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.31 
 
 
192 aa  52.8  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  25.13 
 
 
226 aa  52.8  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2518  RNA polymerase factor sigma-70  28.74 
 
 
360 aa  52.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.327804 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1915  RNA polymerase sigma factor  24.02 
 
 
189 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35016  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.7 
 
 
209 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0024  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.57 
 
 
224 aa  52.8  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.471332  hitchhiker  0.00220906 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.16 
 
 
196 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.7 
 
 
209 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>