More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_3277 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
259 aa  514  1.0000000000000001e-145  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0335  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.35 
 
 
227 aa  233  3e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0236127  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.51 
 
 
218 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.53 
 
 
219 aa  180  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.23 
 
 
220 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1834  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40.69 
 
 
203 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21550  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  40.69 
 
 
203 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1546  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.45 
 
 
200 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.818865  normal  0.434033 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1422  sigma-24 (FecI)  37.68 
 
 
203 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  30.36 
 
 
223 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.51 
 
 
211 aa  101  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.5 
 
 
193 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3638  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.63 
 
 
214 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512029  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.64 
 
 
191 aa  100  3e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  32.35 
 
 
226 aa  97.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.32 
 
 
201 aa  97.1  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.82 
 
 
194 aa  97.4  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  33.5 
 
 
230 aa  96.3  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.14 
 
 
192 aa  96.3  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33 
 
 
226 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.3 
 
 
191 aa  95.5  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.36 
 
 
220 aa  95.1  9e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.14 
 
 
192 aa  95.1  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  26.63 
 
 
192 aa  95.1  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
236 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3933  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.9 
 
 
214 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.622801  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.65 
 
 
225 aa  94  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.79 
 
 
190 aa  94.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.13 
 
 
192 aa  94.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.69 
 
 
200 aa  93.6  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.8 
 
 
199 aa  93.6  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.43 
 
 
200 aa  93.2  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.14 
 
 
192 aa  93.2  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.79 
 
 
192 aa  93.2  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  92  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2703  RNA polymerase sigma factor  34.07 
 
 
202 aa  92.4  7e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.37559 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  32.04 
 
 
208 aa  92  8e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  30.3 
 
 
229 aa  92  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
237 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  30.26 
 
 
208 aa  91.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.14 
 
 
192 aa  91.7  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.26 
 
 
208 aa  91.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  33.52 
 
 
203 aa  91.7  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  90.9  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.28 
 
 
224 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.63 
 
 
192 aa  90.9  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
192 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.92 
 
 
199 aa  89.4  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.43 
 
 
199 aa  89.4  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.43 
 
 
199 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.98 
 
 
191 aa  89.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.92 
 
 
199 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.92 
 
 
199 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.14 
 
 
191 aa  89  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.92 
 
 
199 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.92 
 
 
199 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.92 
 
 
199 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.92 
 
 
199 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  28.35 
 
 
193 aa  88.2  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.43 
 
 
205 aa  88.2  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.43 
 
 
205 aa  88.2  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.92 
 
 
199 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.14 
 
 
211 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.92 
 
 
392 aa  87.8  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.41 
 
 
199 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.38 
 
 
208 aa  87.8  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.41 
 
 
199 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.02 
 
 
198 aa  87.8  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.24 
 
 
192 aa  87.4  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.92 
 
 
199 aa  87  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.41 
 
 
199 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.24 
 
 
222 aa  87.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  27.64 
 
 
191 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.64 
 
 
191 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.64 
 
 
191 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.41 
 
 
199 aa  86.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.64 
 
 
191 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  28 
 
 
211 aa  86.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.64 
 
 
191 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.41 
 
 
199 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.41 
 
 
199 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.64 
 
 
191 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.41 
 
 
199 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.64 
 
 
191 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  27.64 
 
 
191 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1582  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27 
 
 
186 aa  86.7  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.38 
 
 
215 aa  86.7  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  29.27 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.64 
 
 
191 aa  86.3  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.14 
 
 
191 aa  85.9  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0318  RNA polymerase sigma factor  28.95 
 
 
209 aa  85.9  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829638  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.14 
 
 
191 aa  85.5  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.27 
 
 
192 aa  85.5  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.14 
 
 
191 aa  85.5  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>