More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2124 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
226 aa  454  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  51.07 
 
 
239 aa  219  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  55.91 
 
 
241 aa  219  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  50.22 
 
 
239 aa  214  9e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  52.56 
 
 
234 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  52.09 
 
 
234 aa  184  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  51.11 
 
 
231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  51.11 
 
 
231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  51.11 
 
 
235 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  51.11 
 
 
231 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  51.11 
 
 
235 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  51.36 
 
 
231 aa  182  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  53.11 
 
 
222 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  49.77 
 
 
237 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  39.66 
 
 
229 aa  158  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.29 
 
 
243 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  42.33 
 
 
237 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.29 
 
 
243 aa  156  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  43.06 
 
 
223 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  42.36 
 
 
236 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  42.58 
 
 
223 aa  154  8e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  41.31 
 
 
230 aa  152  5e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  42.57 
 
 
228 aa  149  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  43.07 
 
 
228 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  45.05 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.5 
 
 
225 aa  144  9e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  42.01 
 
 
244 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.57 
 
 
226 aa  142  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  40.1 
 
 
226 aa  140  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  42.03 
 
 
229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.86 
 
 
222 aa  128  6e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.44 
 
 
229 aa  122  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  38.61 
 
 
211 aa  120  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  30.95 
 
 
221 aa  115  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.55 
 
 
203 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 
223 aa  113  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.27 
 
 
226 aa  109  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.95 
 
 
200 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
220 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
208 aa  105  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.9 
 
 
209 aa  105  8e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3684  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.56 
 
 
247 aa  104  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.328373  normal  0.718843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
211 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
215 aa  102  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.52 
 
 
194 aa  102  7e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.07 
 
 
191 aa  101  8e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
211 aa  101  9e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
192 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.84 
 
 
205 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.84 
 
 
205 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.87 
 
 
209 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.03 
 
 
189 aa  100  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.76 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.36 
 
 
185 aa  100  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  99.4  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.41 
 
 
200 aa  99  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
392 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.1 
 
 
200 aa  99  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
192 aa  99  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  99  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
199 aa  98.6  7e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.1 
 
 
206 aa  98.6  7e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.04 
 
 
192 aa  98.6  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.1 
 
 
206 aa  98.6  7e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
192 aa  97.4  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  31.82 
 
 
190 aa  97.8  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
192 aa  97.8  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.9 
 
 
193 aa  97.8  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.35 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.22 
 
 
199 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
192 aa  97.4  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35 
 
 
292 aa  97.1  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.71 
 
 
198 aa  96.7  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35 
 
 
288 aa  97.1  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2630  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.9 
 
 
186 aa  97.4  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0312805  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.44 
 
 
200 aa  97.1  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  34.81 
 
 
285 aa  97.1  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2627  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.87 
 
 
211 aa  97.1  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  35 
 
 
200 aa  97.1  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 
177 aa  96.3  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3274  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.36 
 
 
211 aa  95.5  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0690912  normal  0.387372 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.81 
 
 
199 aa  95.9  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.81 
 
 
199 aa  95.9  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.27 
 
 
199 aa  95.5  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.92 
 
 
208 aa  95.5  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
192 aa  95.5  7e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>