More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_0525 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
222 aa  445  1.0000000000000001e-124  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  38.86 
 
 
226 aa  128  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  34.29 
 
 
239 aa  122  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  36.18 
 
 
239 aa  121  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  36.92 
 
 
241 aa  120  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.66 
 
 
243 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.17 
 
 
243 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.09 
 
 
209 aa  116  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.62 
 
 
211 aa  115  5e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.94 
 
 
195 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.85 
 
 
203 aa  113  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.79 
 
 
226 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
229 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.02 
 
 
226 aa  109  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  33 
 
 
236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.43 
 
 
200 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  35.35 
 
 
234 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  35.19 
 
 
230 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.64 
 
 
216 aa  107  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  32.84 
 
 
237 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  35.68 
 
 
234 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  35.71 
 
 
200 aa  106  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.43 
 
 
215 aa  104  8e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.07 
 
 
193 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.91 
 
 
205 aa  104  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  35.75 
 
 
223 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  35.9 
 
 
244 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.61 
 
 
200 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  35.82 
 
 
228 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  33.68 
 
 
230 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  34.31 
 
 
228 aa  101  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.17 
 
 
185 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.84 
 
 
192 aa  100  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
199 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.18 
 
 
225 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.86 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.84 
 
 
211 aa  99.8  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
231 aa  99.8  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
231 aa  99.4  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.52 
 
 
201 aa  99.4  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
231 aa  99.4  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  36.21 
 
 
226 aa  99  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.62 
 
 
292 aa  98.6  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.29 
 
 
303 aa  98.6  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.38 
 
 
223 aa  98.6  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.62 
 
 
288 aa  98.6  7e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  32.66 
 
 
237 aa  98.6  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  32.09 
 
 
285 aa  98.6  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
202 aa  98.6  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00980912  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
235 aa  98.2  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
222 aa  98.6  8e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
235 aa  98.2  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.02 
 
 
190 aa  98.6  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
231 aa  98.2  8e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.58 
 
 
211 aa  97.8  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  34.07 
 
 
229 aa  97.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  97.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
199 aa  97.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  32.6 
 
 
190 aa  96.3  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
199 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.04 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
392 aa  95.5  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
200 aa  95.5  6e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  34.24 
 
 
208 aa  95.5  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.24 
 
 
208 aa  95.5  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.95 
 
 
206 aa  95.1  7e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  95.1  8e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  95.1  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  95.1  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  95.1  8e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  95.1  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  95.1  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.95 
 
 
208 aa  95.1  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.87 
 
 
220 aa  94  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.26 
 
 
206 aa  94.4  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  30.94 
 
 
183 aa  94.7  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.59 
 
 
200 aa  93.6  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.78 
 
 
203 aa  93.6  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  33.69 
 
 
213 aa  93.6  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.21 
 
 
202 aa  93.2  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
199 aa  92.8  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  33.13 
 
 
223 aa  92.8  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  32.76 
 
 
187 aa  92.4  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.36 
 
 
207 aa  91.7  9e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000341874  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.29 
 
 
193 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.79 
 
 
185 aa  90.9  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.05 
 
 
224 aa  90.9  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.8 
 
 
193 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>