More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4469 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
191 aa  373  1e-103  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  64.44 
 
 
235 aa  217  7.999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.76 
 
 
185 aa  162  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.54 
 
 
186 aa  121  5e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3352  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  43.72 
 
 
206 aa  114  6.9999999999999995e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.05 
 
 
182 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  109  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  109  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  108  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  108  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  108  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  108  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.44 
 
 
292 aa  107  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.07 
 
 
199 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  41.44 
 
 
285 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.44 
 
 
288 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.07 
 
 
199 aa  106  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
392 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.55 
 
 
195 aa  102  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.08 
 
 
205 aa  101  8e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.08 
 
 
205 aa  101  8e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.16 
 
 
189 aa  99.4  3e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.87 
 
 
192 aa  98.2  6e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.51 
 
 
200 aa  97.8  8e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.88 
 
 
199 aa  97.8  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
199 aa  97.4  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.96 
 
 
189 aa  97.1  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  34.59 
 
 
229 aa  96.7  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
200 aa  95.9  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  37.7 
 
 
205 aa  95.9  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
185 aa  95.5  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  40.22 
 
 
234 aa  94.4  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1771  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
197 aa  94.7  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000506111  hitchhiker  0.000648476 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.87 
 
 
190 aa  94.4  9e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  35.56 
 
 
226 aa  94  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.24 
 
 
194 aa  94.4  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
199 aa  92.8  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
198 aa  93.6  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
192 aa  93.2  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  42.29 
 
 
187 aa  93.6  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
205 aa  93.2  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.42 
 
 
190 aa  93.6  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
199 aa  93.2  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
199 aa  93.2  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.18 
 
 
220 aa  93.2  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.98 
 
 
202 aa  93.6  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.84 
 
 
193 aa  92.4  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
192 aa  92.8  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  39.67 
 
 
234 aa  92.8  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.43 
 
 
205 aa  92.8  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.57 
 
 
224 aa  92  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.39 
 
 
192 aa  91.7  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.39 
 
 
192 aa  91.3  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
192 aa  91.7  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
199 aa  91.3  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
192 aa  91.3  8e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  34.76 
 
 
239 aa  91.3  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
192 aa  90.9  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
192 aa  90.9  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.33 
 
 
209 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.11 
 
 
209 aa  90.9  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.88 
 
 
194 aa  90.5  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3552  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.9 
 
 
177 aa  89.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492938 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37.27 
 
 
248 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.27 
 
 
248 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2709  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.86 
 
 
326 aa  90.1  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0845859  normal  0.0166395 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5412  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.27 
 
 
248 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.43 
 
 
192 aa  89.7  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2611  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.38 
 
 
184 aa  89.7  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.87 
 
 
283 aa  89.4  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4271  sigma-24 (FecI-like)  34.76 
 
 
209 aa  89.4  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3620  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.9 
 
 
177 aa  89  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
191 aa  89.4  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.39 
 
 
208 aa  89  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27120  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.38 
 
 
206 aa  89  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.337181 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  34.83 
 
 
214 aa  89  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3743  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.9 
 
 
177 aa  89  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
211 aa  88.6  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.3 
 
 
209 aa  89  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.33 
 
 
209 aa  89  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.95 
 
 
220 aa  89  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.82 
 
 
215 aa  88.6  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.47 
 
 
206 aa  88.6  5e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.75 
 
 
177 aa  88.2  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.76 
 
 
198 aa  88.2  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.72 
 
 
208 aa  88.2  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  34.72 
 
 
208 aa  88.2  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
211 aa  87.8  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  36.92 
 
 
231 aa  87  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>