More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0994 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
194 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  98.45 
 
 
194 aa  380  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  74.23 
 
 
194 aa  288  4e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  74.16 
 
 
179 aa  257  7e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  62.11 
 
 
190 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  61.7 
 
 
190 aa  230  7.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  60.11 
 
 
190 aa  226  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  65.29 
 
 
188 aa  219  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  59.26 
 
 
190 aa  213  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  59.78 
 
 
182 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  58.24 
 
 
181 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  55.43 
 
 
178 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  55.43 
 
 
178 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  63.06 
 
 
224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  49.16 
 
 
184 aa  158  4e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  46.37 
 
 
183 aa  140  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  45.86 
 
 
184 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
182 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  44.75 
 
 
184 aa  137  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
185 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  45.6 
 
 
183 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  43.5 
 
 
185 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.44 
 
 
180 aa  128  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  41.99 
 
 
185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.94 
 
 
134 aa  125  5e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.46 
 
 
205 aa  123  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.05 
 
 
174 aa  121  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.11 
 
 
179 aa  117  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.33 
 
 
189 aa  115  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.38 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.56 
 
 
182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  38.76 
 
 
185 aa  108  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  37.16 
 
 
190 aa  107  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.94 
 
 
191 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.52 
 
 
180 aa  105  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.8 
 
 
174 aa  104  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  36.16 
 
 
181 aa  101  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  38.75 
 
 
191 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.23 
 
 
167 aa  99.8  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.31 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  33.7 
 
 
211 aa  95.1  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  36.52 
 
 
181 aa  94.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  35.26 
 
 
192 aa  92  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  33.93 
 
 
219 aa  92  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  36.97 
 
 
170 aa  89  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.57 
 
 
223 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.24 
 
 
189 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  36 
 
 
181 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.73 
 
 
190 aa  77.8  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.6 
 
 
260 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.15 
 
 
216 aa  74.7  0.0000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.09 
 
 
195 aa  73.6  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  32.97 
 
 
192 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  32.97 
 
 
192 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.92 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.88 
 
 
216 aa  73.2  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  36.99 
 
 
200 aa  72.4  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  32.43 
 
 
192 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  35.03 
 
 
194 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.1 
 
 
187 aa  71.6  0.000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  64.81 
 
 
56 aa  70.9  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  31.02 
 
 
192 aa  70.5  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.93 
 
 
190 aa  70.1  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 
191 aa  68.6  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.62 
 
 
228 aa  68.2  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.15 
 
 
190 aa  68.2  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 
201 aa  67.8  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.51 
 
 
192 aa  67  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  30.68 
 
 
183 aa  65.5  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.39 
 
 
212 aa  65.1  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
240 aa  64.7  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  33.94 
 
 
232 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.71 
 
 
200 aa  63.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.9 
 
 
249 aa  64.3  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.21 
 
 
240 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 
207 aa  63.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000341874  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.38 
 
 
204 aa  63.5  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  32.46 
 
 
208 aa  63.5  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.49 
 
 
199 aa  62.8  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  31.25 
 
 
202 aa  62.8  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  30.81 
 
 
212 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  30.23 
 
 
190 aa  62.4  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1810  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.48 
 
 
250 aa  62.4  0.000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.816651  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  30 
 
 
204 aa  62.4  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  32.56 
 
 
212 aa  62  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34 
 
 
244 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34 
 
 
246 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34 
 
 
244 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0740  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.86 
 
 
227 aa  61.2  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00362489  normal  0.246435 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34 
 
 
271 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.19 
 
 
199 aa  60.8  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0098  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.39 
 
 
225 aa  60.8  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0185132  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.33 
 
 
268 aa  60.5  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  30.41 
 
 
202 aa  60.1  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.87 
 
 
183 aa  60.5  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2824  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  28.77 
 
 
177 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000658944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1611  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
174 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2651  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.17 
 
 
260 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000224332  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.93 
 
 
198 aa  59.7  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2243  RNA polymerase sigma-70 factor  28.77 
 
 
179 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0167321  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>