More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1058 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
182 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  84.53 
 
 
183 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  81.22 
 
 
183 aa  295  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  56.67 
 
 
184 aa  206  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  56.57 
 
 
184 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  53.33 
 
 
185 aa  192  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  53.59 
 
 
185 aa  191  7e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  51.93 
 
 
184 aa  189  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  42.78 
 
 
185 aa  150  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.49 
 
 
180 aa  146  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  48.59 
 
 
188 aa  144  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
194 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  44.69 
 
 
190 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  44.63 
 
 
190 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  46.96 
 
 
181 aa  136  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  44.32 
 
 
194 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  43.96 
 
 
190 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  46.11 
 
 
178 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  40.76 
 
 
190 aa  133  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  46.11 
 
 
178 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  42.61 
 
 
185 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  46.07 
 
 
182 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  43.5 
 
 
194 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48 
 
 
180 aa  130  6.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.02 
 
 
205 aa  131  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  42.05 
 
 
181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  44.51 
 
 
190 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.26 
 
 
174 aa  126  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
191 aa  124  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  40.88 
 
 
181 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  44.79 
 
 
224 aa  122  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.7 
 
 
189 aa  123  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  40.46 
 
 
179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.75 
 
 
182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.13 
 
 
179 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  35.67 
 
 
170 aa  105  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.29 
 
 
174 aa  104  6e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.58 
 
 
182 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  37.64 
 
 
181 aa  98.6  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.9 
 
 
167 aa  97.1  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.8 
 
 
134 aa  92.4  4e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
260 aa  89  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.57 
 
 
191 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.95 
 
 
223 aa  82  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  31.61 
 
 
219 aa  81.6  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.4 
 
 
191 aa  79.3  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.66 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.97 
 
 
228 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  35.76 
 
 
232 aa  71.2  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.23 
 
 
189 aa  71.2  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  30.3 
 
 
211 aa  70.1  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  31.76 
 
 
225 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  28.49 
 
 
192 aa  67.8  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
192 aa  67  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  30.59 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  30.59 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  31.61 
 
 
196 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.9 
 
 
216 aa  63.2  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  28.99 
 
 
196 aa  62  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.94 
 
 
56 aa  58.5  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1332  RNA polymerase sigma factor  29.09 
 
 
204 aa  58.5  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214235  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.49 
 
 
191 aa  58.2  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.37 
 
 
185 aa  58.2  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.11 
 
 
195 aa  57.4  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1662  RNA polymerase sigma-70 factor  28.65 
 
 
191 aa  57.4  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.19397 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6216  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.31 
 
 
188 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
185 aa  56.6  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2647  RNA polymerase sigma-70 factor  26.83 
 
 
192 aa  57  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.44 
 
 
212 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.71 
 
 
215 aa  56.6  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0841  Fis family transcriptional regulator  31.95 
 
 
189 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.145758 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.72 
 
 
188 aa  55.5  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.54 
 
 
201 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  27.84 
 
 
200 aa  55.1  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0148  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.95 
 
 
187 aa  55.1  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.48 
 
 
200 aa  54.7  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.16 
 
 
190 aa  54.3  0.0000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1611  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.06 
 
 
174 aa  53.9  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0401  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.51 
 
 
182 aa  53.9  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.799117 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.4 
 
 
204 aa  53.5  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5603  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.67 
 
 
195 aa  53.9  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01437  RNA polymerase sigma factor  29.07 
 
 
203 aa  53.9  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.69658  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6065  Fis family transcriptional regulator  33.14 
 
 
191 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0601256  normal  0.104607 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.06 
 
 
174 aa  53.5  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6588  sigma-24 (FecI-like)  29.51 
 
 
203 aa  53.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0137066  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2821  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.11 
 
 
183 aa  53.5  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0341769  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  28.74 
 
 
223 aa  53.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.85 
 
 
182 aa  53.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
170 aa  53.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5523  transcriptional regulator, LuxR family  27.71 
 
 
197 aa  53.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0545297  normal  0.541298 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2322  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.22 
 
 
220 aa  52.8  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.293844  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  27.74 
 
 
183 aa  52.4  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.67 
 
 
198 aa  52.8  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.57 
 
 
196 aa  52.8  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.262176  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0090  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.05 
 
 
212 aa  52.4  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000230493  normal  0.0688251 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  28.77 
 
 
182 aa  52.8  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.2 
 
 
185 aa  52.4  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.22 
 
 
303 aa  52  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0599  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.4 
 
 
199 aa  52.4  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.312522 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>