More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4793 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
219 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  53.92 
 
 
211 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  56.11 
 
 
216 aa  175  4e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  46.93 
 
 
192 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.84 
 
 
191 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.62 
 
 
191 aa  130  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.07 
 
 
187 aa  123  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 
181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.33 
 
 
223 aa  116  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  40.56 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.56 
 
 
189 aa  109  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
181 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.1 
 
 
260 aa  108  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.31 
 
 
189 aa  108  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  40.56 
 
 
181 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.11 
 
 
174 aa  103  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  37.79 
 
 
185 aa  102  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  37.1 
 
 
190 aa  102  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  37.95 
 
 
182 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  38.69 
 
 
170 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  35.03 
 
 
184 aa  99.8  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  37.57 
 
 
184 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  38.01 
 
 
184 aa  98.2  8e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.14 
 
 
180 aa  98.2  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.18 
 
 
180 aa  97.1  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  36.25 
 
 
190 aa  93.6  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.61 
 
 
179 aa  92.8  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  37.11 
 
 
190 aa  93.2  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  35.12 
 
 
185 aa  92.4  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  35.76 
 
 
194 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  33.93 
 
 
194 aa  92  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  37.11 
 
 
188 aa  90.9  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.76 
 
 
174 aa  90.1  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  35.62 
 
 
190 aa  90.1  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  35.22 
 
 
190 aa  89.7  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  35.87 
 
 
185 aa  89.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.55 
 
 
189 aa  87.8  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.16 
 
 
205 aa  87.8  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.4 
 
 
167 aa  87.8  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.65 
 
 
182 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  32.74 
 
 
194 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  36.75 
 
 
181 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.95 
 
 
228 aa  86.3  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  33.53 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.16 
 
 
182 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.74 
 
 
188 aa  82.4  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  31.61 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
179 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  32.12 
 
 
178 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  36.48 
 
 
224 aa  80.1  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  32.12 
 
 
178 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  33.51 
 
 
212 aa  79  0.00000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  33.72 
 
 
185 aa  78.2  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  34.88 
 
 
183 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  28.57 
 
 
218 aa  76.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28 
 
 
196 aa  75.9  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0366  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.21 
 
 
189 aa  74.7  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.25 
 
 
198 aa  74.7  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.72 
 
 
195 aa  73.6  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28 
 
 
196 aa  72.8  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  31.4 
 
 
183 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.47 
 
 
218 aa  71.6  0.000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002700  RNA polymerase sigma-70 factor ECF subfamily  25.68 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.61152  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  32.07 
 
 
192 aa  71.6  0.000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.34 
 
 
191 aa  71.2  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.07 
 
 
191 aa  70.9  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.32 
 
 
134 aa  69.7  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2126  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.21 
 
 
192 aa  69.3  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.483975  normal  0.031897 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  29.78 
 
 
190 aa  68.6  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  32.12 
 
 
233 aa  68.2  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4573  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.33 
 
 
206 aa  67.8  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0401  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.37 
 
 
182 aa  67.8  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.799117 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  27.17 
 
 
183 aa  67  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  30.81 
 
 
194 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.89 
 
 
190 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03284  RNA polymerase sigma factor  24.59 
 
 
194 aa  65.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.93 
 
 
214 aa  66.2  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4021  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
127 aa  65.5  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.785989  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.11 
 
 
188 aa  65.5  0.0000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.23 
 
 
204 aa  65.5  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.17 
 
 
185 aa  65.1  0.0000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  25.14 
 
 
174 aa  64.3  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  31.89 
 
 
192 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  31.89 
 
 
192 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2959  putative RNA polymerase sigma factor  29.28 
 
 
181 aa  64.3  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  31.89 
 
 
192 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3852  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  27.71 
 
 
189 aa  63.5  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2711  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.79 
 
 
220 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.169267  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  28.37 
 
 
223 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1749  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.79 
 
 
220 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170067  hitchhiker  0.00382347 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  33.76 
 
 
179 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  27.78 
 
 
185 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3887  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.37 
 
 
187 aa  63.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.526394  normal  0.0354938 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.55 
 
 
210 aa  63.5  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5021  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
186 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434276  normal  0.047742 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2636  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.79 
 
 
220 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2949  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.76 
 
 
196 aa  63.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.713286  normal  0.15342 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1092  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
181 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2597  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.79 
 
 
220 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>