More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4408 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
184 aa  372  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  59.44 
 
 
185 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  57.06 
 
 
184 aa  214  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  59.55 
 
 
183 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  61.33 
 
 
183 aa  210  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  55.37 
 
 
184 aa  209  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  56.67 
 
 
182 aa  206  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  53.8 
 
 
185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  48.04 
 
 
185 aa  171  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  50.87 
 
 
190 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  48.02 
 
 
190 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  49.72 
 
 
190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  48.84 
 
 
190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  46.59 
 
 
182 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  50.28 
 
 
194 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  49.16 
 
 
194 aa  158  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  45.56 
 
 
181 aa  156  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  48.04 
 
 
194 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  47.7 
 
 
188 aa  150  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.43 
 
 
180 aa  149  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  48.12 
 
 
224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
178 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
178 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  48.28 
 
 
179 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.2 
 
 
180 aa  140  9e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  40.11 
 
 
190 aa  136  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.66 
 
 
205 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.09 
 
 
179 aa  131  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.83 
 
 
174 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  39.08 
 
 
185 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.71 
 
 
189 aa  127  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  39.66 
 
 
181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.24 
 
 
174 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  37.36 
 
 
191 aa  120  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
181 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.46 
 
 
182 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.03 
 
 
182 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  36.14 
 
 
170 aa  112  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.09 
 
 
134 aa  103  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.31 
 
 
191 aa  100  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  35.03 
 
 
219 aa  99.8  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.65 
 
 
167 aa  99.4  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  36.09 
 
 
181 aa  93.2  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  34.86 
 
 
211 aa  91.7  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
260 aa  91.3  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.66 
 
 
223 aa  89  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
191 aa  87.8  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  32.07 
 
 
192 aa  82.4  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.81 
 
 
187 aa  80.9  0.000000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.67 
 
 
189 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.04 
 
 
216 aa  77.4  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.88 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.68 
 
 
191 aa  72.8  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.75 
 
 
190 aa  72  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.75 
 
 
190 aa  70.9  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.55 
 
 
215 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.99 
 
 
192 aa  69.3  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
212 aa  69.3  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  31.76 
 
 
196 aa  69.3  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.21 
 
 
185 aa  68.9  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.79 
 
 
200 aa  67.8  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.75 
 
 
195 aa  67.4  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.18 
 
 
228 aa  65.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.26 
 
 
187 aa  65.1  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000329231  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3536  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.89 
 
 
204 aa  64.7  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.595735  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.51 
 
 
188 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  31.98 
 
 
232 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  33.14 
 
 
184 aa  63.2  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.14 
 
 
189 aa  62.8  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  29.24 
 
 
192 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  31.07 
 
 
194 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  32.22 
 
 
177 aa  62.4  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.61 
 
 
201 aa  61.6  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  30.85 
 
 
192 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  27.78 
 
 
183 aa  60.8  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  30.85 
 
 
192 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  30.85 
 
 
192 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2806  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.82 
 
 
204 aa  60.1  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.585333  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.37 
 
 
188 aa  60.1  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  29.51 
 
 
190 aa  59.3  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  29.48 
 
 
200 aa  58.9  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.57 
 
 
190 aa  58.9  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.55 
 
 
174 aa  58.5  0.00000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.25 
 
 
56 aa  58.5  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  31.36 
 
 
202 aa  58.5  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  27.03 
 
 
200 aa  58.2  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2792  RNA polymerase sigma factor SigZ  28.57 
 
 
206 aa  57.8  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.72 
 
 
185 aa  57.8  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.17061 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3552  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.13 
 
 
177 aa  57  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492938 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 
198 aa  57.8  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  28.99 
 
 
212 aa  56.6  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3743  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.13 
 
 
177 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 
198 aa  56.6  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 
202 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  30.39 
 
 
208 aa  56.6  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3620  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.13 
 
 
177 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0473  sigma-24 (FecI-like)  32.03 
 
 
186 aa  55.8  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.89 
 
 
190 aa  55.8  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2532  RNA polymerase sigma-70 factor  27.52 
 
 
195 aa  55.8  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2384  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.81 
 
 
280 aa  55.8  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>