More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_2571 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
182 aa  367  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  79.01 
 
 
182 aa  263  8.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.31 
 
 
180 aa  155  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48 
 
 
189 aa  151  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  50.58 
 
 
174 aa  150  7e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  49.72 
 
 
188 aa  146  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.24 
 
 
179 aa  142  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  48.94 
 
 
190 aa  140  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  46.93 
 
 
184 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  48.59 
 
 
182 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  47.43 
 
 
185 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  47.73 
 
 
190 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  45.25 
 
 
184 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  47.43 
 
 
183 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  45.66 
 
 
183 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
190 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  47.46 
 
 
181 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.71 
 
 
174 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.63 
 
 
180 aa  128  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
190 aa  127  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  44.75 
 
 
182 aa  127  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  42.46 
 
 
185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  41.95 
 
 
184 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
178 aa  124  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
178 aa  124  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  44.57 
 
 
179 aa  121  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  48.47 
 
 
224 aa  121  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  44.2 
 
 
194 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  42.7 
 
 
185 aa  120  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  42.94 
 
 
194 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  44.38 
 
 
194 aa  117  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  44.83 
 
 
185 aa  117  7.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  39.88 
 
 
181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  40.49 
 
 
191 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  39.53 
 
 
181 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  35.29 
 
 
190 aa  106  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  34.12 
 
 
170 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.14 
 
 
191 aa  99.4  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  36.65 
 
 
219 aa  97.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.16 
 
 
167 aa  95.5  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  34.91 
 
 
181 aa  92.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.15 
 
 
134 aa  87.8  7e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.26 
 
 
190 aa  84.3  7e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  30.23 
 
 
192 aa  82.8  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.93 
 
 
260 aa  81.3  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.4 
 
 
223 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.88 
 
 
216 aa  76.3  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  37.74 
 
 
211 aa  76.3  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
190 aa  76.3  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  34.13 
 
 
212 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  31.69 
 
 
194 aa  74.7  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.21 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  31.49 
 
 
192 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.11 
 
 
191 aa  73.6  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.36 
 
 
189 aa  72  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  31.67 
 
 
192 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  31.67 
 
 
192 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  31.67 
 
 
192 aa  71.2  0.000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.76 
 
 
191 aa  70.9  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
188 aa  67  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.46 
 
 
212 aa  67  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.81 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  31.03 
 
 
202 aa  65.5  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.15 
 
 
201 aa  65.5  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  34.56 
 
 
232 aa  61.6  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.46 
 
 
198 aa  62  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0544  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.84 
 
 
214 aa  61.6  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.355671 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.18 
 
 
188 aa  61.6  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 
190 aa  61.6  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.18 
 
 
195 aa  61.2  0.000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5719  sigma-24 (FecI)  37.5 
 
 
123 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.16 
 
 
216 aa  60.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
192 aa  58.9  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.8 
 
 
208 aa  58.5  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5692  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.27 
 
 
266 aa  58.5  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0887  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.48 
 
 
191 aa  58.2  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 
187 aa  58.2  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  30.54 
 
 
212 aa  57.8  0.00000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  30.07 
 
 
225 aa  57  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.61 
 
 
174 aa  57  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  27.07 
 
 
200 aa  56.6  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6736  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.32 
 
 
217 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1555  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.46 
 
 
88 aa  56.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  30.07 
 
 
225 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  30.07 
 
 
225 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.67 
 
 
228 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.41 
 
 
56 aa  56.6  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0501  RNA polymerase sigma factor SigZ  29.82 
 
 
180 aa  55.8  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.05 
 
 
187 aa  56.2  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0169  RNA polymerase sigma factor SigW, putative  30.19 
 
 
183 aa  55.5  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.646102  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.07 
 
 
194 aa  55.5  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0266504  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0489  sigma-70 region 2 domain-containing protein  33.55 
 
 
266 aa  55.1  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8330  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.72 
 
 
282 aa  55.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00407021  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.31 
 
 
181 aa  55.1  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.97 
 
 
310 aa  55.1  0.0000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0350  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.97 
 
 
311 aa  54.7  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
188 aa  54.7  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0679  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.74 
 
 
178 aa  54.7  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5519  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.74 
 
 
241 aa  54.7  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.241519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>