49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1555 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1555  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 		 88 aa  177  4.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  58.33 
 
 		 174 aa  87  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.62 
 
 		 167 aa  72.8  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  48.61 
 
 		 185 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.5 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  41.86 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  47.22 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  47.22 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.96 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  43.06 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.37 
 
 		 174 aa  53.9  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  40.48 
 
 		 194 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  41.86 
 
 		 184 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.37 
 
 		 189 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 		 194 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  39.74 
 
 		 184 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.07 
 
 		 205 aa  52  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  46.48 
 
 		 188 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  38.46 
 
 		 185 aa  50.8  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  35.56 
 
 		 184 aa  50.4  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  37.21 
 
 		 190 aa  50.4  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  37.97 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  47.27 
 
 		 224 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  42.37 
 
 		 190 aa  48.1  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  38.36 
 
 		 194 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  37.66 
 
 		 183 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  38.71 
 
 		 190 aa  47.4  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  38.98 
 
 		 190 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  45.28 
 
 		 179 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  36.11 
 
 		 183 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  44.44 
 
 		 211 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  41.79 
 
 		 219 aa  45.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  41.82 
 
 		 185 aa  44.3  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4666  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 		 170 aa  44.3  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  32.53 
 
 		 232 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.11 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  32.5 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.31 
 
 		 56 aa  42.4  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 		 228 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.51 
 
 		 189 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2928  sigma-24 (FecI-like)  38.78 
 
 		 187 aa  42  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.909502  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1532  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.48 
 
 		 180 aa  41.6  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0195109  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  34.48 
 
 		 202 aa  41.6  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1255  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.95 
 
 		 195 aa  41.2  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.22 
 
 		 189 aa  40.8  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  36.73 
 
 		 185 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  36.73 
 
 		 185 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 		 180 aa  40.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>