More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1255 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1255  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  100 
 
 
195 aa  392  1e-108  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.76 
 
 
189 aa  108  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
199 aa  96.7  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
199 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
199 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
199 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4178  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.94 
 
 
196 aa  95.9  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
199 aa  95.5  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
199 aa  95.5  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
199 aa  95.5  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
199 aa  95.5  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
199 aa  95.1  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.69 
 
 
205 aa  94.7  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.69 
 
 
205 aa  94.7  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.07 
 
 
199 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.07 
 
 
199 aa  94  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.07 
 
 
199 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.07 
 
 
199 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.07 
 
 
199 aa  94  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
199 aa  94  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.07 
 
 
199 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
199 aa  94  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.84 
 
 
200 aa  92.8  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.07 
 
 
392 aa  92.8  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.84 
 
 
199 aa  92  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3120  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.7 
 
 
256 aa  90.9  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0379225  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.02 
 
 
199 aa  90.1  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2305  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.63 
 
 
229 aa  89.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.00225526  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.51 
 
 
199 aa  88.2  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.51 
 
 
199 aa  88.2  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.09 
 
 
199 aa  87.4  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.79 
 
 
199 aa  87  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
192 aa  85.1  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.62 
 
 
208 aa  84.3  9e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.57 
 
 
198 aa  84.3  9e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
189 aa  84  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
215 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
192 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.95 
 
 
199 aa  82.4  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.87 
 
 
193 aa  82.4  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
192 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
192 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.43 
 
 
192 aa  82  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.43 
 
 
192 aa  82  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  31.35 
 
 
189 aa  82  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.43 
 
 
192 aa  82  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.43 
 
 
192 aa  82  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.81 
 
 
191 aa  82  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  27.22 
 
 
189 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
192 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
189 aa  80.9  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.56 
 
 
192 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.16 
 
 
208 aa  80.9  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
192 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  30.16 
 
 
208 aa  80.9  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
192 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
192 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.48 
 
 
185 aa  79.3  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
192 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.17 
 
 
192 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3656  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.9 
 
 
183 aa  79  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3549  RNA polymerase sigma factor  28.88 
 
 
189 aa  79  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1915  RNA polymerase sigma factor  30.85 
 
 
189 aa  79  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35016  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
224 aa  78.6  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.19 
 
 
192 aa  78.6  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.68 
 
 
180 aa  78.2  0.00000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1532  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.55 
 
 
180 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0195109  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.05 
 
 
192 aa  77.4  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.38 
 
 
191 aa  77.4  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  30.16 
 
 
203 aa  77.4  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1771  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.86 
 
 
197 aa  77.4  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000506111  hitchhiker  0.000648476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  29.24 
 
 
203 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  29.03 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.81 
 
 
192 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.63 
 
 
206 aa  75.5  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.73 
 
 
191 aa  75.5  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.72 
 
 
217 aa  75.1  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00212  RNA polymerase sigma-E factor  26.47 
 
 
193 aa  74.7  0.0000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.9 
 
 
194 aa  74.7  0.0000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0874  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
192 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.145718  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.81 
 
 
192 aa  74.7  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.63 
 
 
208 aa  74.3  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.01 
 
 
174 aa  73.9  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.34 
 
 
191 aa  74.3  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.89 
 
 
216 aa  73.9  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5267  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.02 
 
 
223 aa  73.9  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1133  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.94 
 
 
195 aa  73.6  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.92 
 
 
192 aa  73.6  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.24 
 
 
190 aa  72.4  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.12 
 
 
198 aa  72.8  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0093  RNA polymerase sigma factor  28.8 
 
 
203 aa  72.4  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.43 
 
 
211 aa  72  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  28.32 
 
 
203 aa  72.4  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3684  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.61 
 
 
247 aa  72.4  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.328373  normal  0.718843 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.25 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.25 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.18 
 
 
209 aa  72.4  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2611  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.79 
 
 
184 aa  72  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.68 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.68 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>