More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_1133 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_1133  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
195 aa  396  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3656  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.89 
 
 
183 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.36 
 
 
183 aa  131  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.142713  normal  0.100718 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.91 
 
 
174 aa  128  5.0000000000000004e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  34.44 
 
 
190 aa  112  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  34.3 
 
 
183 aa  112  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.82 
 
 
193 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.42 
 
 
184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.72 
 
 
208 aa  108  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  31.72 
 
 
208 aa  108  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.52 
 
 
185 aa  109  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.75 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.75 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.22 
 
 
184 aa  108  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.89 
 
 
202 aa  108  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.25 
 
 
193 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.25 
 
 
193 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.25 
 
 
193 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.25 
 
 
193 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.51 
 
 
193 aa  108  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
190 aa  108  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.11 
 
 
200 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.25 
 
 
193 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.38 
 
 
193 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4855  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 
208 aa  106  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.224896 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.38 
 
 
193 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
206 aa  105  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  28.65 
 
 
233 aa  105  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.11 
 
 
200 aa  105  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.09 
 
 
192 aa  105  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
392 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
199 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
199 aa  105  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.25 
 
 
192 aa  105  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
199 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.75 
 
 
199 aa  104  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.75 
 
 
199 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.75 
 
 
199 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.75 
 
 
199 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2320  RNA polymerase sigma-24 factor, putative  32.26 
 
 
213 aa  103  1e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.213027  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  27.27 
 
 
223 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
206 aa  103  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.41 
 
 
220 aa  104  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
192 aa  103  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.22 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.22 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.22 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
199 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.22 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.22 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.48 
 
 
206 aa  102  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
199 aa  102  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.35 
 
 
246 aa  102  5e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000320537 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.5 
 
 
193 aa  101  6e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.22 
 
 
199 aa  101  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.28 
 
 
216 aa  100  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.41 
 
 
222 aa  100  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.41 
 
 
184 aa  100  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.05 
 
 
192 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  27.53 
 
 
200 aa  99.8  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4685  RNA polymerase sigma factor SigM  26.63 
 
 
233 aa  99.8  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.501427  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  29.38 
 
 
189 aa  99.4  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4530  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.63 
 
 
224 aa  99.4  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
199 aa  99.4  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.97 
 
 
183 aa  99.4  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.40806 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
187 aa  99  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000329231  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9374  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.41 
 
 
201 aa  99  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.666826 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
192 aa  98.2  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
192 aa  98.2  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
192 aa  98.2  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
192 aa  98.2  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
192 aa  98.2  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 
196 aa  97.1  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.34 
 
 
192 aa  97.1  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.89 
 
 
189 aa  97.4  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.88 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.43 
 
 
205 aa  96.3  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  33.73 
 
 
180 aa  96.3  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 
196 aa  96.7  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0865  RNA polymerase sigma factor  26.97 
 
 
227 aa  96.3  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  28.98 
 
 
189 aa  96.7  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.88 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.88 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.65 
 
 
190 aa  96.3  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
198 aa  95.9  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.49 
 
 
223 aa  95.9  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.72 
 
 
198 aa  95.9  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.79 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.79 
 
 
192 aa  95.9  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>