More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1068 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
183 aa  360  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  81.97 
 
 
183 aa  300  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  81.22 
 
 
182 aa  295  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  61.33 
 
 
184 aa  210  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  56.98 
 
 
185 aa  197  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  56.25 
 
 
184 aa  193  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  54.75 
 
 
185 aa  192  3e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  51.98 
 
 
184 aa  185  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
185 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  48.6 
 
 
190 aa  143  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.46 
 
 
180 aa  142  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  47.75 
 
 
181 aa  141  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.02 
 
 
180 aa  137  7e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  48.04 
 
 
190 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  48.86 
 
 
188 aa  136  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  45.45 
 
 
190 aa  136  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.2 
 
 
205 aa  135  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  47.98 
 
 
190 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  45.6 
 
 
194 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  44.32 
 
 
185 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.09 
 
 
174 aa  131  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  45.81 
 
 
178 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  45.81 
 
 
178 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  46.02 
 
 
182 aa  131  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  46.33 
 
 
194 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  45.05 
 
 
194 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.11 
 
 
189 aa  127  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
181 aa  125  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.66 
 
 
182 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  40.46 
 
 
181 aa  124  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  46.88 
 
 
224 aa  124  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  42.53 
 
 
179 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  38.92 
 
 
190 aa  120  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.86 
 
 
179 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  39.2 
 
 
191 aa  118  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.98 
 
 
182 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.42 
 
 
174 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  34.3 
 
 
170 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  38.37 
 
 
181 aa  96.3  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.86 
 
 
191 aa  92.4  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.55 
 
 
134 aa  90.9  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35 
 
 
167 aa  86.7  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.07 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
223 aa  81.3  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.14 
 
 
191 aa  80.5  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.84 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  34.88 
 
 
219 aa  76.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  31.69 
 
 
192 aa  75.5  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  32.72 
 
 
211 aa  72.8  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.35 
 
 
189 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.57 
 
 
201 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
192 aa  68.2  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.5 
 
 
189 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.09 
 
 
187 aa  66.6  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  33.94 
 
 
232 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.12 
 
 
204 aa  60.8  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  32.12 
 
 
225 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2821  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.85 
 
 
183 aa  60.8  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0341769  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  30.54 
 
 
196 aa  59.7  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  30.66 
 
 
225 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  30.66 
 
 
225 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.81 
 
 
181 aa  58.9  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.95 
 
 
202 aa  58.5  0.00000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.47 
 
 
191 aa  58.2  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  29.29 
 
 
200 aa  57.8  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
212 aa  57  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  27.56 
 
 
196 aa  57  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0401  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.27 
 
 
182 aa  57  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.799117 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.25 
 
 
56 aa  56.6  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0599  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.78 
 
 
199 aa  56.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.312522 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.37 
 
 
185 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.61 
 
 
303 aa  55.8  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0441  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.21 
 
 
180 aa  56.2  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  29.05 
 
 
177 aa  55.8  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.13 
 
 
188 aa  55.8  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  30.87 
 
 
180 aa  55.5  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.82 
 
 
179 aa  55.5  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.5 
 
 
185 aa  55.5  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5954  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.55 
 
 
162 aa  55.1  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.609078  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2647  RNA polymerase sigma-70 factor  26.19 
 
 
192 aa  55.1  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
216 aa  55.1  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
188 aa  54.7  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.1 
 
 
200 aa  54.7  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.38 
 
 
182 aa  54.7  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2868  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.46 
 
 
195 aa  54.3  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.62 
 
 
187 aa  54.3  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000626637 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  28.83 
 
 
184 aa  54.3  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6588  sigma-24 (FecI-like)  32.04 
 
 
203 aa  53.9  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0137066  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2471  sigma-24 (FecI-like)  29.93 
 
 
208 aa  53.5  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0956767  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1332  RNA polymerase sigma factor  27.84 
 
 
204 aa  54.3  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214235  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0148  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.14 
 
 
187 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.53 
 
 
179 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000354416 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  31.06 
 
 
174 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
203 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2318  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.08 
 
 
220 aa  53.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5961  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.35 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.720757  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.15 
 
 
202 aa  53.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.76 
 
 
188 aa  52.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1611  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.55 
 
 
174 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  24.57 
 
 
190 aa  53.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>