285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5954 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5954  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
162 aa  317  5e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.609078  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0057  RNA polymerase sigma factor SigL  51.48 
 
 
177 aa  137  6e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0598  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.77 
 
 
185 aa  133  8e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0456  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  47.24 
 
 
192 aa  120  6e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.418666  normal  0.546035 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8248  RNA polymerase sigma factor SigL  46.99 
 
 
177 aa  117  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.53 
 
 
183 aa  117  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.79 
 
 
188 aa  115  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1993  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.75 
 
 
212 aa  114  7.999999999999999e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263841  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4446  LuxR family transcriptional regulator  45.24 
 
 
165 aa  112  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0133892 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.15 
 
 
169 aa  107  9.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.0000000316034  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.17 
 
 
193 aa  102  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.217835  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3520  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.64 
 
 
166 aa  101  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.620598  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0520  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.86 
 
 
185 aa  99.8  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0245  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.51 
 
 
167 aa  99  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1800  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.45 
 
 
168 aa  99  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0165906  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1676  sigma-70 region 2 domain-containing protein  41.82 
 
 
174 aa  98.2  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367954  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3789  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.71 
 
 
166 aa  97.1  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1177  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.13 
 
 
183 aa  96.3  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.100003  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3510  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.02 
 
 
166 aa  95.9  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0022505 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.41 
 
 
277 aa  95.9  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4388  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.76 
 
 
166 aa  95.1  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3941  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.45 
 
 
178 aa  92.4  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.663751  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5370  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.03 
 
 
181 aa  92.8  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0406  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.24 
 
 
206 aa  91.3  6e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0403727  normal  0.062306 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.56 
 
 
170 aa  90.1  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1049  RNA polymerase sigma factor SigL  43.83 
 
 
166 aa  87.4  8e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1065  RNA polymerase sigma factor SigL  43.83 
 
 
166 aa  87.4  8e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.279523 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1077  RNA polymerase sigma factor SigL  43.83 
 
 
166 aa  86.7  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.829814  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10749  RNA polymerase sigma factor SigL  41.32 
 
 
177 aa  84  9e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0300065  normal  0.246355 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5019  RNA polymerase sigma factor SigL  40.96 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.424714 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1350  RNA polymerase sigma factor SigL  40.36 
 
 
171 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6219  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.53 
 
 
218 aa  77.8  0.00000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.694772 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7979  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.7 
 
 
173 aa  62.8  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.262256  normal  0.180906 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3549  RNA polymerase sigma factor  31.68 
 
 
189 aa  61.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1915  RNA polymerase sigma factor  31.68 
 
 
189 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35016  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0940  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
195 aa  58.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.318933  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  31.68 
 
 
189 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.68 
 
 
189 aa  58.9  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  29.81 
 
 
189 aa  58.5  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  30.59 
 
 
189 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1825  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.94 
 
 
182 aa  57.8  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3378  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.57 
 
 
179 aa  56.6  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.286962  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0316  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.48 
 
 
212 aa  55.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  29.7 
 
 
203 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.7 
 
 
207 aa  55.8  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000341874  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  30.3 
 
 
203 aa  55.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  33.55 
 
 
183 aa  55.1  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3667  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
194 aa  54.7  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  27.67 
 
 
203 aa  54.3  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1702  RNA polymerase sigma factor SigY  25.81 
 
 
183 aa  53.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0644  RNA polymerase sigma factor SigY  25.79 
 
 
176 aa  53.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  29.7 
 
 
203 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.05 
 
 
198 aa  53.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0544  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.9 
 
 
214 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.355671 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.33 
 
 
214 aa  53.1  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3296  RNA polymerase sigma factor  27.98 
 
 
201 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  28.66 
 
 
189 aa  52.8  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0551  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.32 
 
 
195 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.88 
 
 
195 aa  52.4  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0722  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.9 
 
 
206 aa  52  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.344115  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.59 
 
 
202 aa  51.6  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1169  RNA polymerase sigma factor  26.57 
 
 
161 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00105347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.66 
 
 
195 aa  50.8  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2600  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.86 
 
 
215 aa  50.8  0.000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4573  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
206 aa  50.8  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3991  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
186 aa  50.4  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75873  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1647  sigma-24 (FecI-like)  29.17 
 
 
541 aa  50.4  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3681  RNA polymerase sigma factor  28.93 
 
 
207 aa  50.4  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1270  RNA polymerase sigma factor  26.57 
 
 
161 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.125733  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1215  RNA polymerase sigma factor  25.16 
 
 
161 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0342  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.22 
 
 
196 aa  49.7  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5692  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
266 aa  49.3  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.33 
 
 
214 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0482  sigma-24  30.36 
 
 
238 aa  49.7  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.97 
 
 
201 aa  49.3  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.14 
 
 
203 aa  49.7  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.34 
 
 
179 aa  49.7  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  31.82 
 
 
181 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3164  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.75 
 
 
168 aa  49.7  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.95 
 
 
203 aa  49.3  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1013  RNA polymerase sigma factor  25.87 
 
 
161 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0372577  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.12 
 
 
189 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  31.82 
 
 
181 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.52 
 
 
215 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.239395 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.29 
 
 
205 aa  48.9  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  26.29 
 
 
181 aa  48.5  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2171  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.93 
 
 
271 aa  48.5  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  28.33 
 
 
214 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.33 
 
 
214 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0250  RNA polymerase sigma factor  30.54 
 
 
202 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0936  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.36 
 
 
184 aa  48.1  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.982194 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.85 
 
 
187 aa  48.5  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0512  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  24.2 
 
 
183 aa  48.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.196327  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.58 
 
 
187 aa  48.1  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  34.27 
 
 
232 aa  48.1  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  31.82 
 
 
182 aa  48.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  31.82 
 
 
181 aa  48.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.56 
 
 
195 aa  48.1  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1113  RNA polymerase sigma factor  25.17 
 
 
161 aa  47.8  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  30.3 
 
 
181 aa  47.8  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>