More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5018 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
182 aa  361  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  75.28 
 
 
181 aa  275  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  73.86 
 
 
178 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  73.86 
 
 
178 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  73.89 
 
 
190 aa  266  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  73.14 
 
 
190 aa  263  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  64.04 
 
 
188 aa  234  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  65.71 
 
 
194 aa  231  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  63.64 
 
 
190 aa  228  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  67.7 
 
 
224 aa  211  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  59.78 
 
 
194 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  61.71 
 
 
190 aa  210  7.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  58.66 
 
 
194 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  62.79 
 
 
179 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  46.59 
 
 
184 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  45.3 
 
 
185 aa  149  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  47.75 
 
 
184 aa  147  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  48.3 
 
 
185 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  47.51 
 
 
184 aa  144  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.81 
 
 
180 aa  142  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.59 
 
 
182 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  46.07 
 
 
182 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  46.02 
 
 
183 aa  131  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.59 
 
 
182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.19 
 
 
134 aa  128  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  45.2 
 
 
183 aa  128  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  42.22 
 
 
185 aa  125  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  42.08 
 
 
185 aa  124  6e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.14 
 
 
189 aa  122  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.89 
 
 
180 aa  120  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  41.62 
 
 
181 aa  118  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  41.04 
 
 
191 aa  117  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.34 
 
 
205 aa  116  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.88 
 
 
174 aa  114  7.999999999999999e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  39.53 
 
 
190 aa  113  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  41.52 
 
 
181 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  40.12 
 
 
170 aa  111  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.5 
 
 
179 aa  108  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  37.95 
 
 
219 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.65 
 
 
191 aa  98.6  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.2 
 
 
174 aa  97.8  7e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.67 
 
 
167 aa  95.9  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.11 
 
 
223 aa  94.4  8e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.36 
 
 
181 aa  94  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.03 
 
 
191 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  37.27 
 
 
211 aa  84.7  7e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
216 aa  80.5  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.71 
 
 
191 aa  80.5  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  32.12 
 
 
192 aa  79.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
260 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.69 
 
 
189 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  70.37 
 
 
56 aa  74.3  0.0000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
189 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.17 
 
 
188 aa  72.4  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05265  RNA polymerase sigma factor SigZ  32.35 
 
 
186 aa  71.6  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  33.33 
 
 
182 aa  71.6  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.1 
 
 
192 aa  70.9  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.48 
 
 
189 aa  69.7  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  31.25 
 
 
225 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  31.25 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  31.25 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  31.78 
 
 
200 aa  68.9  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.82 
 
 
185 aa  67.4  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1470  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.72 
 
 
205 aa  67.4  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  33.53 
 
 
190 aa  66.2  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
192 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
192 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.81 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  30.56 
 
 
192 aa  65.5  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  34.76 
 
 
232 aa  65.1  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.07 
 
 
190 aa  65.1  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0473  sigma-24 (FecI-like)  28.29 
 
 
186 aa  64.7  0.0000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.76 
 
 
246 aa  64.3  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000320537 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  32.56 
 
 
212 aa  63.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.52 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.95 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.09 
 
 
203 aa  63.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1318  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.03 
 
 
188 aa  62.8  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  30.71 
 
 
180 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.07 
 
 
194 aa  62.8  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  30.39 
 
 
194 aa  63.2  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.86 
 
 
187 aa  63.5  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000329231  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2514  RNA polymerase sigma factor SigZ  32.23 
 
 
179 aa  62.8  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.75636  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  32.09 
 
 
181 aa  62.4  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.21 
 
 
204 aa  62  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.91 
 
 
189 aa  61.6  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.41 
 
 
187 aa  61.6  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0401  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.46 
 
 
182 aa  61.6  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.799117 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3908  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.92 
 
 
173 aa  61.6  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.407015  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  29.12 
 
 
192 aa  61.2  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0441  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.47 
 
 
180 aa  61.6  0.000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.78 
 
 
199 aa  60.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
231 aa  60.5  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2821  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
183 aa  60.5  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0341769  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1255  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.88 
 
 
195 aa  60.5  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 
212 aa  60.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.25 
 
 
201 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0927  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.91 
 
 
184 aa  60.5  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.92 
 
 
186 aa  60.8  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>