More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_2563 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
191 aa  384  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  59.34 
 
 
192 aa  215  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  48.84 
 
 
219 aa  135  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.08 
 
 
191 aa  122  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.02 
 
 
223 aa  119  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  42.78 
 
 
211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.02 
 
 
216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.11 
 
 
189 aa  112  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.48 
 
 
260 aa  108  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.97 
 
 
180 aa  107  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.11 
 
 
179 aa  99.4  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.36 
 
 
187 aa  98.2  7e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  37.43 
 
 
185 aa  97.8  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.14 
 
 
182 aa  97.8  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.18 
 
 
174 aa  97.4  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  36.31 
 
 
194 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  35.63 
 
 
183 aa  95.5  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.95 
 
 
189 aa  95.5  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  36 
 
 
185 aa  94  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  34.86 
 
 
183 aa  92.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  37.99 
 
 
190 aa  91.7  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  35.39 
 
 
194 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  33.7 
 
 
185 aa  90.9  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
181 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  32.31 
 
 
191 aa  88.2  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
184 aa  87.8  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  36 
 
 
184 aa  87  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  35.03 
 
 
182 aa  85.9  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  37.29 
 
 
190 aa  85.5  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  34.44 
 
 
188 aa  85.5  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.78 
 
 
205 aa  85.1  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  34.08 
 
 
194 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  35 
 
 
190 aa  84.7  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  33.72 
 
 
181 aa  85.1  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.22 
 
 
174 aa  84.7  7e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.79 
 
 
189 aa  84.3  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  32.57 
 
 
182 aa  84  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.03 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  32.8 
 
 
190 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  32.57 
 
 
184 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  34.91 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.57 
 
 
180 aa  82  0.000000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  30.9 
 
 
190 aa  81.6  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  32.04 
 
 
178 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  32.04 
 
 
178 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  31.49 
 
 
181 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  31.67 
 
 
181 aa  77.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.78 
 
 
167 aa  77  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  29.61 
 
 
170 aa  73.6  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  32.16 
 
 
179 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  29.05 
 
 
185 aa  70.1  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.5 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.8 
 
 
190 aa  63.2  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1611  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.48 
 
 
174 aa  61.6  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.92 
 
 
188 aa  58.2  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3656  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.59 
 
 
183 aa  58.2  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.34 
 
 
228 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09253  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily protein  26.74 
 
 
195 aa  57.4  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0478381  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4204  sigma-70 region 2 domain-containing protein  26.79 
 
 
217 aa  57.4  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.52678 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.51 
 
 
212 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  28.8 
 
 
232 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  28.12 
 
 
179 aa  56.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  29.79 
 
 
208 aa  56.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
198 aa  55.5  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  27.53 
 
 
190 aa  55.5  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
198 aa  55.8  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  30.83 
 
 
200 aa  55.5  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  28.65 
 
 
218 aa  54.7  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.19 
 
 
196 aa  54.7  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.23 
 
 
185 aa  53.9  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1092  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.24 
 
 
181 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.24 
 
 
198 aa  53.9  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2755  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.24 
 
 
168 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.04 
 
 
174 aa  53.5  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  29.7 
 
 
212 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1798  RNA polymerase sigma-70 factor  26.94 
 
 
188 aa  53.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00185694 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  23.63 
 
 
201 aa  53.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.9 
 
 
189 aa  53.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  32.09 
 
 
196 aa  53.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.06 
 
 
168 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270397  normal  0.0409988 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2957  putative RNA polymerase sigma factor  27.57 
 
 
199 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.81 
 
 
195 aa  53.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3258  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.7 
 
 
191 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.420669  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  26.71 
 
 
179 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0948  RNA polymerase sigma-70 factor  27.07 
 
 
189 aa  52.8  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.799329  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.35 
 
 
198 aa  52.8  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2016  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.48 
 
 
225 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1212  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 
192 aa  53.1  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000198211  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.65 
 
 
218 aa  52.4  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1768  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.62 
 
 
198 aa  52  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3290  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.53 
 
 
187 aa  52  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.73 
 
 
191 aa  52  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.73 
 
 
198 aa  51.6  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  28.07 
 
 
212 aa  51.6  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.22 
 
 
192 aa  51.6  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  29.32 
 
 
183 aa  51.2  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3448  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.72 
 
 
184 aa  50.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.76 
 
 
181 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2124  RNA polymerase sigma factor  26.82 
 
 
192 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3697  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  25.64 
 
 
201 aa  50.1  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>