More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmar10_2034 on replicon NC_008347
Organism: Maricaulis maris MCS10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
180 aa  362  1e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  50.57 
 
 
184 aa  156  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.13 
 
 
180 aa  150  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  48.6 
 
 
185 aa  149  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  49.73 
 
 
184 aa  149  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  49.19 
 
 
184 aa  148  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  50.85 
 
 
183 aa  147  7e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  51.09 
 
 
183 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  49.14 
 
 
182 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  46.33 
 
 
181 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
182 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  46.78 
 
 
190 aa  130  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  42.7 
 
 
185 aa  128  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  46.29 
 
 
190 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  43.68 
 
 
178 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  43.68 
 
 
178 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  44.57 
 
 
190 aa  122  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  42.29 
 
 
188 aa  122  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.94 
 
 
189 aa  122  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  46.55 
 
 
190 aa  121  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.58 
 
 
179 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  43.86 
 
 
194 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  42.37 
 
 
185 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.2 
 
 
182 aa  117  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  41.52 
 
 
194 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.48 
 
 
174 aa  115  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 
205 aa  115  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  39.77 
 
 
185 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 
224 aa  112  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.58 
 
 
182 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  40.35 
 
 
194 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.04 
 
 
174 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  39.77 
 
 
179 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  38.37 
 
 
181 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  39.18 
 
 
191 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  38.18 
 
 
219 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  39.18 
 
 
181 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 
167 aa  99  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.62 
 
 
134 aa  96.7  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  36.11 
 
 
190 aa  95.9  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.8 
 
 
223 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.89 
 
 
191 aa  89  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  33.15 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  36.97 
 
 
170 aa  87.8  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.04 
 
 
191 aa  85.1  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.74 
 
 
192 aa  83.2  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  39.52 
 
 
211 aa  82  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.5 
 
 
181 aa  82  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.4 
 
 
189 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.1 
 
 
189 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.15 
 
 
216 aa  67.8  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.34 
 
 
188 aa  67.8  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
228 aa  67  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.09 
 
 
191 aa  66.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  30.17 
 
 
190 aa  66.6  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.03 
 
 
201 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.78 
 
 
190 aa  65.1  0.0000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  34.76 
 
 
232 aa  63.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1025  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.03 
 
 
202 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
187 aa  63.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0997  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.03 
 
 
202 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1015  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.03 
 
 
202 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.393084  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.51 
 
 
182 aa  63.2  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2949  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
196 aa  62.4  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.713286  normal  0.15342 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.75 
 
 
181 aa  61.6  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2792  RNA polymerase sigma factor SigZ  28.28 
 
 
206 aa  61.6  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0316  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.66 
 
 
212 aa  61.2  0.000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3791  RNA polymerase sigma-70 factor  22.5 
 
 
201 aa  61.2  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  25.97 
 
 
186 aa  61.2  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0988  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.12 
 
 
185 aa  60.5  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1293  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.71 
 
 
174 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0542493 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  23.86 
 
 
200 aa  59.7  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3919  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.59 
 
 
200 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0250534  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.03 
 
 
195 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.9 
 
 
188 aa  59.3  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.65 
 
 
185 aa  58.9  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0238  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.07 
 
 
197 aa  58.5  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.54 
 
 
204 aa  57.8  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
214 aa  57.8  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.81 
 
 
195 aa  57.8  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0309  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.07 
 
 
197 aa  57.4  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0745731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0722  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.49 
 
 
206 aa  57.4  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.344115  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1959  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.08 
 
 
207 aa  57.4  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0394591 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1868  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.41 
 
 
222 aa  57.4  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.928596 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.91 
 
 
190 aa  57  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1039  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.22 
 
 
201 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.148351  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  25.88 
 
 
183 aa  56.6  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.42 
 
 
187 aa  56.6  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1555  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.96 
 
 
88 aa  56.6  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0401  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.12 
 
 
182 aa  56.6  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.799117 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0855  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.17 
 
 
181 aa  56.6  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0463841  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.05 
 
 
190 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3144  sigma-24 (FecI-like)  28.57 
 
 
187 aa  55.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.283984  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3551  RNA polymerase sigma-70 factor  30.43 
 
 
200 aa  55.5  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3251  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 
201 aa  55.5  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145067 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1106  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.65 
 
 
201 aa  55.5  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.59449  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1140  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.65 
 
 
201 aa  55.1  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.556495  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.38 
 
 
202 aa  54.7  0.0000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2821  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.45 
 
 
183 aa  55.1  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0341769  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>