More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2573 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
184 aa  364  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  91.16 
 
 
184 aa  332  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  57.06 
 
 
184 aa  214  4e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  60.23 
 
 
183 aa  207  5e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  56.74 
 
 
185 aa  204  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  56.57 
 
 
182 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  54.44 
 
 
185 aa  194  9e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  56.25 
 
 
183 aa  193  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  49.44 
 
 
181 aa  160  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  47.49 
 
 
185 aa  159  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
190 aa  158  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.73 
 
 
180 aa  158  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  48.62 
 
 
190 aa  156  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  48.89 
 
 
190 aa  154  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  48.31 
 
 
178 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  48.31 
 
 
178 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  47.83 
 
 
194 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  47.75 
 
 
182 aa  147  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  47.75 
 
 
179 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  48.35 
 
 
205 aa  144  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  46.63 
 
 
190 aa  143  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  49.43 
 
 
188 aa  141  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  45.3 
 
 
194 aa  141  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.63 
 
 
180 aa  141  7e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  45.86 
 
 
194 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  45.4 
 
 
185 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  47.46 
 
 
174 aa  139  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  41.21 
 
 
190 aa  137  6e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.09 
 
 
189 aa  137  7.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.13 
 
 
182 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  48.12 
 
 
224 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.54 
 
 
179 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  41.24 
 
 
181 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  40.23 
 
 
191 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  40.11 
 
 
181 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.23 
 
 
182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.57 
 
 
174 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  39.76 
 
 
170 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.68 
 
 
167 aa  107  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  37.29 
 
 
181 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  37.57 
 
 
219 aa  99.4  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.68 
 
 
134 aa  97.4  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.89 
 
 
191 aa  94  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.87 
 
 
260 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36 
 
 
191 aa  87  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  32.94 
 
 
192 aa  80.9  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  32.14 
 
 
211 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.63 
 
 
223 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
215 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.19 
 
 
192 aa  74.3  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.72 
 
 
212 aa  73.6  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.32 
 
 
189 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.51 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
187 aa  71.2  0.000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  32.2 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  32.2 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.79 
 
 
216 aa  69.3  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  32.2 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.43 
 
 
200 aa  68.6  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  34.15 
 
 
232 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
189 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.12 
 
 
190 aa  65.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
190 aa  65.5  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.78 
 
 
182 aa  65.5  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.93 
 
 
185 aa  65.1  0.0000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.17061 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.53 
 
 
185 aa  64.3  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  30.86 
 
 
225 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.31 
 
 
188 aa  63.5  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.37 
 
 
246 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  30.86 
 
 
225 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.73 
 
 
188 aa  63.5  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.18 
 
 
190 aa  63.2  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  30.86 
 
 
225 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  32.07 
 
 
212 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.61 
 
 
198 aa  62  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.93 
 
 
201 aa  62  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  32.37 
 
 
202 aa  62  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  31.09 
 
 
194 aa  62  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.97 
 
 
240 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.4 
 
 
246 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 
234 aa  61.2  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1035  RNA polymerase sigma factor  29.63 
 
 
161 aa  61.2  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000122565  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1113  RNA polymerase sigma factor  29.63 
 
 
161 aa  61.2  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.67 
 
 
201 aa  61.2  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1013  RNA polymerase sigma factor  30.25 
 
 
161 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0372577  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  32.7 
 
 
178 aa  60.5  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4172  RNA polymerase sigma factor  30.26 
 
 
161 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  27.45 
 
 
184 aa  60.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2801  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.94 
 
 
235 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678244  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2578  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  30.94 
 
 
269 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.56 
 
 
188 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0903  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.3 
 
 
234 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.255496  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  31.09 
 
 
192 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  31.64 
 
 
177 aa  59.3  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0501  RNA polymerase sigma factor SigZ  27.81 
 
 
180 aa  58.9  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.62 
 
 
187 aa  58.9  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000626637 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.53 
 
 
195 aa  58.5  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  31.75 
 
 
196 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.83 
 
 
246 aa  58.5  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>