More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0062 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
185 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  63.04 
 
 
185 aa  224  4e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  59.44 
 
 
184 aa  219  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  56.74 
 
 
184 aa  204  8e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  55.06 
 
 
184 aa  201  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  56.42 
 
 
183 aa  201  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  56.98 
 
 
183 aa  197  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  53.33 
 
 
182 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  47.51 
 
 
185 aa  166  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  48.9 
 
 
181 aa  160  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  47.51 
 
 
190 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  45.3 
 
 
182 aa  149  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  46.59 
 
 
190 aa  149  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  45.98 
 
 
190 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  47.13 
 
 
190 aa  143  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.6 
 
 
180 aa  143  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  44.94 
 
 
178 aa  141  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  44.94 
 
 
178 aa  141  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.2 
 
 
180 aa  138  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  45.76 
 
 
188 aa  137  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  48.47 
 
 
224 aa  137  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  46.33 
 
 
194 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  41.04 
 
 
185 aa  136  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.93 
 
 
205 aa  135  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.56 
 
 
174 aa  134  9e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
194 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.43 
 
 
182 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  42.13 
 
 
194 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.86 
 
 
189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  37.84 
 
 
190 aa  125  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  42.29 
 
 
179 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  38.01 
 
 
181 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.11 
 
 
179 aa  119  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  38.01 
 
 
191 aa  118  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  36.72 
 
 
181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.99 
 
 
174 aa  115  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.06 
 
 
182 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.25 
 
 
167 aa  105  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.44 
 
 
134 aa  101  5e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  33.13 
 
 
170 aa  99.8  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.09 
 
 
181 aa  95.9  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36 
 
 
191 aa  94  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  35.12 
 
 
219 aa  92.4  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
191 aa  86.3  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.56 
 
 
223 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  30.27 
 
 
211 aa  83.2  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.32 
 
 
189 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.7 
 
 
260 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.73 
 
 
189 aa  77.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.63 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  28.18 
 
 
192 aa  71.6  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
201 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  33.53 
 
 
232 aa  69.3  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
187 aa  67.8  0.00000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
192 aa  66.2  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.49 
 
 
216 aa  65.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.32 
 
 
188 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.39 
 
 
191 aa  61.6  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.19 
 
 
215 aa  60.1  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1555  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.61 
 
 
88 aa  58.9  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2792  RNA polymerase sigma factor SigZ  28.95 
 
 
206 aa  56.6  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.33 
 
 
212 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  29.93 
 
 
253 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  30.95 
 
 
225 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2928  sigma-24 (FecI-like)  32.86 
 
 
187 aa  55.5  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.909502  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2471  sigma-24 (FecI-like)  28.1 
 
 
208 aa  55.8  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0956767  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.28 
 
 
194 aa  55.5  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  30.95 
 
 
225 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  30.95 
 
 
225 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  28.87 
 
 
182 aa  55.1  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.79 
 
 
182 aa  54.7  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  28.66 
 
 
200 aa  54.7  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4075  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
191 aa  54.3  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.713083  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  28.67 
 
 
196 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.45 
 
 
56 aa  53.9  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2821  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.21 
 
 
183 aa  53.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0341769  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 
200 aa  54.3  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.82 
 
 
198 aa  53.9  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  29.93 
 
 
260 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  29.93 
 
 
260 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4397  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.61 
 
 
207 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.86 
 
 
195 aa  53.5  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1662  RNA polymerase sigma-70 factor  25.37 
 
 
191 aa  53.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.19397 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.81 
 
 
198 aa  53.5  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.79 
 
 
201 aa  53.1  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.83 
 
 
203 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.9 
 
 
188 aa  52.8  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  27.67 
 
 
184 aa  52.8  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 
198 aa  52.4  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.57 
 
 
190 aa  52  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1366  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.56 
 
 
191 aa  52  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.994867  normal  0.636053 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4279  RNA polymerase sigma factor  30.29 
 
 
239 aa  51.6  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3726  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.51 
 
 
186 aa  51.6  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  27.86 
 
 
190 aa  51.6  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2069  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.09 
 
 
162 aa  51.6  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  26.43 
 
 
183 aa  51.6  0.000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  25.5 
 
 
204 aa  51.2  0.000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.52 
 
 
222 aa  51.2  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.88 
 
 
190 aa  51.2  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1576  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.65 
 
 
220 aa  51.2  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000134885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>