37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1214 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 56 aa  111  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  68.52 
 
 		 190 aa  78.2  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  70.37 
 
 		 190 aa  77.8  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  65.45 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  68.52 
 
 		 190 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  70.37 
 
 		 190 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  70.37 
 
 		 182 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  75 
 
 		 224 aa  73.9  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  67.27 
 
 		 179 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  64.81 
 
 		 194 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  64.81 
 
 		 194 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  66.67 
 
 		 194 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  66.67 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  57.45 
 
 		 185 aa  62.8  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  57.41 
 
 		 178 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  57.41 
 
 		 178 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  56.25 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  50.94 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  54.55 
 
 		 184 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.41 
 
 		 182 aa  57  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  56.25 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  51.92 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  53.7 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  60.78 
 
 		 182 aa  53.9  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  57.45 
 
 		 185 aa  53.9  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  51.92 
 
 		 185 aa  50.4  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  44.64 
 
 		 190 aa  50.1  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.44 
 
 		 180 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.64 
 
 		 189 aa  44.7  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.1 
 
 		 174 aa  43.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  45.1 
 
 		 200 aa  43.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1555  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.31 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2928  sigma-24 (FecI-like)  37.74 
 
 		 187 aa  40.8  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.909502  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5787  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.51 
 
 		 197 aa  40.8  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.73 
 
 		 203 aa  40.4  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.43 
 
 		 167 aa  40.4  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  43.75 
 
 		 211 aa  40.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>