More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2192 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
194 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  74.23 
 
 
194 aa  288  4e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  73.71 
 
 
194 aa  285  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  79.78 
 
 
179 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  64.55 
 
 
190 aa  238  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  62.23 
 
 
190 aa  232  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  65.71 
 
 
182 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  60.85 
 
 
190 aa  226  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  59.79 
 
 
190 aa  214  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  61.49 
 
 
181 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  64.57 
 
 
188 aa  213  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  58.86 
 
 
178 aa  207  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  58.86 
 
 
178 aa  207  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  63.06 
 
 
224 aa  181  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  50.28 
 
 
184 aa  159  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  47.83 
 
 
184 aa  147  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  45.65 
 
 
184 aa  139  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  46.7 
 
 
185 aa  137  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  46.33 
 
 
185 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  43.5 
 
 
182 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  45.2 
 
 
183 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  46.33 
 
 
183 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44 
 
 
180 aa  129  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.81 
 
 
134 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
185 aa  125  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.99 
 
 
205 aa  124  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.48 
 
 
174 aa  118  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
179 aa  117  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.68 
 
 
189 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.2 
 
 
182 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.35 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  36.07 
 
 
190 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  38.67 
 
 
185 aa  108  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.86 
 
 
180 aa  107  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.87 
 
 
191 aa  102  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.75 
 
 
167 aa  99  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  37.57 
 
 
191 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.57 
 
 
174 aa  97.4  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
181 aa  95.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  35.76 
 
 
219 aa  92.4  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  34.27 
 
 
181 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  33.73 
 
 
170 aa  86.3  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.08 
 
 
191 aa  85.1  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.03 
 
 
223 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  30.94 
 
 
192 aa  80.9  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.9 
 
 
260 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  32.6 
 
 
181 aa  79  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  30.22 
 
 
211 aa  78.2  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.9 
 
 
216 aa  74.3  0.0000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.97 
 
 
189 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  66.67 
 
 
56 aa  70.1  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.81 
 
 
190 aa  68.6  0.00000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.76 
 
 
187 aa  67.4  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.41 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.79 
 
 
188 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.5 
 
 
240 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.94 
 
 
246 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.94 
 
 
244 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.57 
 
 
192 aa  64.7  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
244 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.37 
 
 
228 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
204 aa  64.3  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.15 
 
 
189 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0740  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.71 
 
 
227 aa  64.3  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00362489  normal  0.246435 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
271 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.63 
 
 
190 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.46 
 
 
191 aa  63.5  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  31.41 
 
 
192 aa  63.2  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  31.41 
 
 
192 aa  63.2  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  30.37 
 
 
192 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  33.15 
 
 
208 aa  62  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  27.88 
 
 
202 aa  61.6  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.83 
 
 
202 aa  61.2  0.000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.523408  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
232 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1255  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.49 
 
 
195 aa  61.2  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.2 
 
 
189 aa  60.5  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  31.05 
 
 
194 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.98 
 
 
181 aa  59.3  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3144  sigma-24 (FecI-like)  31.58 
 
 
187 aa  59.7  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.283984  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.56 
 
 
243 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
210 aa  58.9  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.75 
 
 
212 aa  58.9  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  30.73 
 
 
225 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5928  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.56 
 
 
263 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  30.73 
 
 
225 aa  58.2  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  30.73 
 
 
225 aa  58.2  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.74 
 
 
216 aa  58.2  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.02 
 
 
200 aa  58.2  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  38.81 
 
 
195 aa  58.2  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1611  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.55 
 
 
174 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.99 
 
 
201 aa  57.4  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  30.92 
 
 
257 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  29.94 
 
 
200 aa  57.4  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.53 
 
 
189 aa  56.6  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  28.4 
 
 
183 aa  56.6  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.62 
 
 
217 aa  57  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.92 
 
 
201 aa  57  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0375  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
189 aa  57  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
192 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5003  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.1 
 
 
209 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>