More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS1710b_2178 on replicon NC_007434
Organism: Burkholderia pseudomallei 1710b



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
178 aa  352  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
178 aa  352  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  81.25 
 
 
181 aa  288  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  73.86 
 
 
182 aa  268  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  66.67 
 
 
190 aa  240  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  64.77 
 
 
190 aa  235  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  63.79 
 
 
188 aa  222  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  56.5 
 
 
190 aa  210  7.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  58.86 
 
 
194 aa  207  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  57.63 
 
 
190 aa  205  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  55.43 
 
 
194 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  55.43 
 
 
194 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  64.97 
 
 
224 aa  193  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  55.81 
 
 
179 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  48.31 
 
 
184 aa  152  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  46.37 
 
 
184 aa  148  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
184 aa  144  7.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  44.94 
 
 
185 aa  141  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  46.82 
 
 
185 aa  138  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.43 
 
 
180 aa  135  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  46.11 
 
 
182 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  45.81 
 
 
183 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  46.07 
 
 
183 aa  128  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.5 
 
 
134 aa  120  7e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  40.22 
 
 
185 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  42.61 
 
 
185 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.68 
 
 
180 aa  119  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.89 
 
 
182 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.92 
 
 
182 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.29 
 
 
189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  39.53 
 
 
190 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.33 
 
 
205 aa  108  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.31 
 
 
174 aa  105  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  36.42 
 
 
181 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.24 
 
 
179 aa  96.7  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.29 
 
 
167 aa  95.9  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  35.84 
 
 
191 aa  95.5  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
181 aa  95.5  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.74 
 
 
174 aa  91.7  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
191 aa  87.4  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  31.74 
 
 
170 aa  86.3  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.04 
 
 
191 aa  80.9  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.66 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  32.12 
 
 
219 aa  80.5  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.97 
 
 
189 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.2 
 
 
223 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  36.02 
 
 
211 aa  77.8  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  30.72 
 
 
192 aa  77.4  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.79 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.9 
 
 
189 aa  72  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5597  ECF family sigma factor  32.68 
 
 
174 aa  70.5  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.46 
 
 
188 aa  69.7  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.33 
 
 
190 aa  69.3  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  34.32 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  34.32 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  34.32 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.07 
 
 
191 aa  67.8  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05265  RNA polymerase sigma factor SigZ  28.97 
 
 
186 aa  67  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.05 
 
 
187 aa  67  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.88 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0473  sigma-24 (FecI-like)  30.5 
 
 
186 aa  66.6  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  33.6 
 
 
200 aa  65.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  29.25 
 
 
204 aa  64.3  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.3 
 
 
195 aa  64.7  0.0000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  34.85 
 
 
232 aa  63.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  30 
 
 
192 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  30 
 
 
192 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.82 
 
 
190 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.12 
 
 
190 aa  63.2  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
201 aa  63.2  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  33.59 
 
 
182 aa  63.2  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
228 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  30 
 
 
192 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 
231 aa  62.8  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
268 aa  62.4  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.41 
 
 
56 aa  62  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  29.44 
 
 
194 aa  60.8  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  34 
 
 
202 aa  60.5  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29980  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.33 
 
 
184 aa  60.5  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.643491 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4230  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.51 
 
 
212 aa  60.5  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1696  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.25 
 
 
186 aa  60.5  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.426925  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.23 
 
 
187 aa  60.1  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2867  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.59 
 
 
167 aa  59.7  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.88 
 
 
176 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  29.55 
 
 
192 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.3 
 
 
250 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.1 
 
 
226 aa  59.3  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4685  RNA polymerase sigma factor SigM  35 
 
 
233 aa  59.3  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.501427  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0927  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.77 
 
 
184 aa  59.3  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
246 aa  58.9  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000320537 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4075  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.66 
 
 
191 aa  58.5  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.713083  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.38 
 
 
263 aa  58.5  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  30.99 
 
 
212 aa  58.5  0.00000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  29.93 
 
 
181 aa  58.5  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.14 
 
 
187 aa  58.5  0.00000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000329231  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.04 
 
 
188 aa  58.2  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
229 aa  57.8  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06460  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.06 
 
 
165 aa  57.8  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
246 aa  57.8  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>