More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4813 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
182 aa  358  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  79.01 
 
 
182 aa  269  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.71 
 
 
180 aa  167  9e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  51.98 
 
 
205 aa  155  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.69 
 
 
189 aa  154  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  52.33 
 
 
174 aa  153  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
188 aa  145  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  49.18 
 
 
190 aa  143  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  48.59 
 
 
182 aa  142  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.82 
 
 
179 aa  140  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  48.88 
 
 
190 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  46.33 
 
 
190 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  46.24 
 
 
184 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  48.35 
 
 
194 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  45.03 
 
 
184 aa  129  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  45.76 
 
 
178 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  45.76 
 
 
178 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  48.57 
 
 
179 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  45.45 
 
 
190 aa  127  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  45.98 
 
 
183 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  45.45 
 
 
181 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  45.4 
 
 
184 aa  125  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  47.95 
 
 
185 aa  124  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  45.45 
 
 
183 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  44.69 
 
 
194 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  42.08 
 
 
185 aa  122  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  45.56 
 
 
194 aa  121  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.25 
 
 
180 aa  120  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  44.83 
 
 
185 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.43 
 
 
174 aa  120  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  49.08 
 
 
224 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  43.58 
 
 
182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  41.1 
 
 
181 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  40.59 
 
 
181 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  41.38 
 
 
185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  38.92 
 
 
190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  40.49 
 
 
191 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  36.31 
 
 
170 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.5 
 
 
167 aa  102  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.8 
 
 
181 aa  93.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  38.55 
 
 
219 aa  93.6  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
191 aa  92.4  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  32 
 
 
192 aa  91.7  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.57 
 
 
134 aa  90.1  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.67 
 
 
191 aa  89.4  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  38.89 
 
 
211 aa  83.6  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.5 
 
 
260 aa  81.3  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
223 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.21 
 
 
190 aa  79.7  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.33 
 
 
190 aa  75.9  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.23 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  31.32 
 
 
212 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.93 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  32.96 
 
 
194 aa  70.5  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.26 
 
 
216 aa  70.5  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.46 
 
 
191 aa  69.7  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
192 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  31.43 
 
 
192 aa  68.2  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.71 
 
 
187 aa  67.8  0.00000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  31.43 
 
 
192 aa  67.8  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  31.43 
 
 
192 aa  67.8  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  31.21 
 
 
202 aa  67  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.68 
 
 
201 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.47 
 
 
216 aa  65.5  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  37.5 
 
 
232 aa  64.3  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 
212 aa  63.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.24 
 
 
198 aa  62.8  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.98 
 
 
188 aa  63.2  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.02 
 
 
214 aa  62.8  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0235  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.89 
 
 
184 aa  60.8  0.000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8330  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.29 
 
 
282 aa  60.5  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00407021  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4446  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
165 aa  60.1  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0133892 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3639  sigma-24 (FecI-like)  35.34 
 
 
176 aa  59.7  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.09 
 
 
194 aa  60.1  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0266504  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0740  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.95 
 
 
227 aa  59.3  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00362489  normal  0.246435 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.34 
 
 
190 aa  58.9  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0887  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
191 aa  58.9  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0456  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  32.87 
 
 
192 aa  58.5  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.418666  normal  0.546035 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  29.61 
 
 
208 aa  58.2  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1098  sigma-24 (FecI-like)  31.11 
 
 
204 aa  58.5  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1555  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.5 
 
 
88 aa  58.5  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0598  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.76 
 
 
185 aa  58.2  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.57 
 
 
188 aa  57.8  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
181 aa  57.8  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.94 
 
 
200 aa  57.4  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.27 
 
 
183 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6736  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.1 
 
 
217 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6207  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.21 
 
 
191 aa  56.6  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.774126  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0544  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
214 aa  56.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.355671 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4178  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
196 aa  55.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0245  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.26 
 
 
167 aa  55.8  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  29.88 
 
 
212 aa  56.2  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1958  RNA polymerase sigma factor  28.65 
 
 
192 aa  55.8  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00853605  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10749  RNA polymerase sigma factor SigL  32.56 
 
 
177 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0300065  normal  0.246355 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5692  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.46 
 
 
266 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3677  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
197 aa  56.2  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00549514  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  31.69 
 
 
225 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6134  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 
301 aa  55.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.243042 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
228 aa  55.5  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.52 
 
 
188 aa  55.1  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>