More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1731 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_1731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
194 aa  385  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0266504  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.07 
 
 
204 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0311504  normal  0.887248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.24 
 
 
217 aa  99  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.218738  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1094  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.6 
 
 
221 aa  92.8  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4393  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.97 
 
 
194 aa  89  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.826665 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05265  RNA polymerase sigma factor SigZ  27.5 
 
 
186 aa  77  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.45 
 
 
384 aa  70.1  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.46169  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3895  sigma-24 (FecI-like)  30.67 
 
 
163 aa  69.3  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.22 
 
 
201 aa  68.6  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.09 
 
 
182 aa  66.2  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
192 aa  63.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
179 aa  62.8  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0501  RNA polymerase sigma factor SigZ  27.74 
 
 
180 aa  62.8  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1836  sigma-24 (FecI)  31.16 
 
 
191 aa  62  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.29 
 
 
174 aa  61.6  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3639  sigma-24 (FecI-like)  28.57 
 
 
176 aa  61.6  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.61 
 
 
205 aa  59.7  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2821  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.63 
 
 
183 aa  59.7  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0341769  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0297  RNA polymerase sigma factor  26.85 
 
 
188 aa  60.1  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240758 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.15 
 
 
182 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.39 
 
 
189 aa  60.1  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.82 
 
 
292 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.82 
 
 
288 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4381  RNA polymerase sigma factor  32.62 
 
 
250 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.566975 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  29.82 
 
 
285 aa  58.5  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10749  RNA polymerase sigma factor SigL  30.71 
 
 
177 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0300065  normal  0.246355 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0456  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  33.56 
 
 
192 aa  57.4  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.418666  normal  0.546035 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2792  RNA polymerase sigma factor SigZ  27.33 
 
 
206 aa  57.4  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.13 
 
 
187 aa  57.4  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.71 
 
 
183 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  30.94 
 
 
189 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  27.46 
 
 
189 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.82 
 
 
197 aa  57  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
185 aa  57  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3570  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.59 
 
 
221 aa  56.6  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2514  RNA polymerase sigma factor SigZ  27.03 
 
 
179 aa  56.2  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.75636  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3087  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  19.46 
 
 
187 aa  54.7  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  28.74 
 
 
226 aa  54.7  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2069  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.37 
 
 
162 aa  54.7  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2845  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.33 
 
 
174 aa  54.7  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470514  normal  0.0105588 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1603  RNA polymerase sigma factor  27.44 
 
 
208 aa  54.3  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  30.34 
 
 
223 aa  53.9  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3889  RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
225 aa  53.9  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0394  RNA polymerase factor sigma-70  29.38 
 
 
441 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.122831 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3677  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.73 
 
 
197 aa  54.3  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00549514  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.85 
 
 
283 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3681  RNA polymerase sigma factor  26.85 
 
 
207 aa  53.5  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  34.67 
 
 
183 aa  53.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4479  RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
264 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3189  sigma-24 (FecI-like)  23.39 
 
 
196 aa  52.8  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5824  RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
264 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417668  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3917  RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
250 aa  52.8  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5690  RNA polymerase sigma factor  28.49 
 
 
217 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000954295  decreased coverage  0.000200848 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  26.79 
 
 
233 aa  52.4  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4546  RNA polymerase sigma factor  26.99 
 
 
199 aa  52.4  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107247  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.93 
 
 
196 aa  52  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0008  RNA polymerase sigma factor  26.99 
 
 
199 aa  52  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310546  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1915  RNA polymerase sigma factor  27.46 
 
 
189 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35016  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3783  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26 
 
 
198 aa  52  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.374124  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.46 
 
 
200 aa  52  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  26.47 
 
 
189 aa  51.6  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.76 
 
 
244 aa  51.6  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5514  RNA polymerase sigma factor  26.99 
 
 
198 aa  52  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000443583  normal  0.178799 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3701  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  20.53 
 
 
176 aa  52  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.56 
 
 
240 aa  51.6  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.1 
 
 
271 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 
224 aa  51.6  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.76 
 
 
246 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2737  RNA polymerase sigma factor  27.49 
 
 
203 aa  51.6  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.48 
 
 
195 aa  51.2  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.11 
 
 
183 aa  51.6  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.142713  normal  0.100718 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4961  RNA polymerase sigma factor  26.38 
 
 
198 aa  51.2  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319566  normal  0.0167527 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5462  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.65 
 
 
171 aa  51.2  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000000465068  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  26.95 
 
 
187 aa  51.2  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.03 
 
 
201 aa  50.8  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0706  RNA polymerase sigma factor  27.22 
 
 
232 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.438313  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.37 
 
 
224 aa  50.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.35313  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1825  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.19 
 
 
182 aa  51.2  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.76 
 
 
249 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3978  sigma-70, region 4 type 2  33.95 
 
 
174 aa  51.2  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637613  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2942  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.37 
 
 
192 aa  50.8  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00874185  normal  0.936687 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0037  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.37 
 
 
190 aa  51.2  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.357232  normal  0.115121 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.1 
 
 
244 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  30.88 
 
 
194 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.21 
 
 
174 aa  50.1  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  31.03 
 
 
188 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0466  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.97 
 
 
188 aa  50.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  21.52 
 
 
183 aa  50.4  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2634  sigma-70 region 2  26.14 
 
 
185 aa  50.1  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.389138  normal  0.692969 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1133  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.87 
 
 
195 aa  50.1  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0551  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 
195 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2263  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.29 
 
 
177 aa  50.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.652475  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3549  RNA polymerase sigma factor  26.76 
 
 
189 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  23.29 
 
 
190 aa  50.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0865  RNA polymerase sigma factor  37.31 
 
 
227 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  26.28 
 
 
189 aa  50.1  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 
243 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5169  RNA polymerase sigma factor  26.99 
 
 
199 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225682  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1438  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
167 aa  50.4  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  30.15 
 
 
194 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>