37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_4393 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_4393  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 		 194 aa  389  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826665 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.97 
 
 		 194 aa  85.9  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0266504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1094  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.03 
 
 		 221 aa  71.2  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.39 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0311504  normal  0.887248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.88 
 
 		 217 aa  60.8  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.218738  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0501  RNA polymerase sigma factor SigZ  24.56 
 
 		 180 aa  57.4  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  29.49 
 
 		 204 aa  51.6  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5415  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.4 
 
 		 211 aa  50.1  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  30.07 
 
 		 285 aa  48.5  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.47 
 
 		 292 aa  48.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.47 
 
 		 288 aa  48.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.07 
 
 		 384 aa  47.8  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.46169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.21 
 
 		 201 aa  47.8  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.19 
 
 		 226 aa  47.4  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2365  sigma-24 (FecI-like)  28.05 
 
 		 188 aa  47  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000514785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.52 
 
 		 237 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.491366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  28.05 
 
 		 295 aa  47  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.52 
 
 		 237 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0562007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.52 
 
 		 237 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19450  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  27.62 
 
 		 239 aa  46.6  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.880507  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.16 
 
 		 212 aa  46.2  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  25.35 
 
 		 240 aa  44.7  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.85 
 
 		 248 aa  44.7  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.08 
 
 		 270 aa  43.5  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13250  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.85 
 
 		 255 aa  43.5  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.787212 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8916  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 		 170 aa  43.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0707335  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7737  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.76 
 
 		 255 aa  43.5  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.59 
 
 		 224 aa  43.1  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.85 
 
 		 252 aa  43.5  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0439737  normal  0.0420679 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0222  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.12 
 
 		 262 aa  42.4  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00279888  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2634  sigma-70 region 2  25.41 
 
 		 185 aa  42.7  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.389138  normal  0.692969 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0867  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.76 
 
 		 198 aa  42  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1265  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.03 
 
 		 235 aa  42  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.158608  normal  0.102911 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2772  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  26.62 
 
 		 211 aa  42  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.48 
 
 		 209 aa  41.6  0.007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  22.93 
 
 		 209 aa  41.6  0.007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.57 
 
 		 199 aa  41.2  0.01  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>